ヘロドトスによると、イオニア人はアテネの伝説的な王イオンにちなんで名付けられました。
キュロス2世（キュロス大王、在位紀元前550年から紀元前530年）がリュディアのクロイソスをテュンブラの戦いで破った後、この地域はアケメネス朝ペルシャ帝国の一部となりました。紀元前499年には、イオニアの反乱（紀元前499年から紀元前493年）が起こり、アテネとエレトリアの支援を受けました。これに対する報復として、ダレイオス1世（ダレイオス大王、在位紀元前522年から紀元前486年）は紀元前490年にギリシャへの第一次ペルシャ侵攻を開始しましたが、マラトンの戦いで阻止されました。彼の息子で後継者のクセルクセス1世（在位紀元前486年から紀元前465年）は紀元前480年に第二次侵攻を開始しましたが、これも敗北しました。
アレクサンドロス大王の帝国の一部となったイオニアは、紀元前335年以降、彼の死後の紀元前323年に彼の将軍たちによって争奪され、異なる地域が次々と手に入れられました。最終的には主にセレウコス朝によって支配されましたが、紀元前189年にローマに敗れ、ローマはそれをペルガモンのアッタロス朝（別名ペルガム）の支配下に置きました。
イオニア人は、その後の時代においても、哲学、科学、文化の発展に大きな影響を与え続けました。イオニア学派の哲学者たちは、自然現象に対する合理的な説明を求め、西洋哲学における科学的探求と合理的思考の基礎を築きました。彼らの思想は、アテナイの民主主義や芸術、文化の発展にも影響を与え、古代ギリシャ文明の黄金時代を形作る重要な要素となりました。
