幕府の衰退と応仁の乱
足利義満のあとを継いだ足利義持の時代には、室町幕府の政治は比較的安定していました。しかし、1416年（応永23年）に前関東管領
上杉氏憲（上杉禅秀）が鎌倉公方足利持氏に不平を持ち、反将軍派と組んで反乱（
上杉禅秀の乱）を起こし、これを室町幕府が鎮圧するという事件が起こりました。5代将軍
足利義量が早世すると、くじ引きによって足利義持の弟の
足利義教が6代将軍となりますが、彼は力で将軍権力の強化を目指したため、自立意識の高かった鎌倉府との対立が広がり、1438年鎌倉公方持氏と関東管領上杉憲実の対立を機会に、憲実支援の軍を派遣し、翌年
永享の乱で持氏を滅ぼしました。足利義教は更に専制政治を強行し、1440年（永享12年）に有力守護の一色義貫と土岐持頼を謀殺したため政治不安が広がり、1441年（嘉吉元年）、処罰を恐れた有力守護の赤松満祐が足利義教を殺害しました。これに対し幕府軍は反撃し、赤松氏は討伐されました（
嘉吉の乱）。
嘉吉の乱後、関東では持氏の遺子を迎えた
結城氏朝が城に立てこもり反抗しましたが、1441年（永享13年）に幕府の支援を得た上杉軍に結城合戦で敗北し、結城城は落城しました。持氏の子成氏はその後鎌倉公方になりますが、再び上杉氏と対立し、1454年（享徳3年）に憲実の子で関東管領の上杉憲忠を誅殺し、これが引き金となり
享徳の乱が起こりました。
一方京都では、将軍の権力が弱体化し、有力御家人が幕府政治の中心となる中、戦国時代の口火となる
応仁の乱（応仁・文明の乱）が起こりました。応仁の乱の始まりは、まず管領家の畠山氏で、父畠山持国（1398～1455）から家督を譲られた義就（?～1490）に対し、反対派の家臣が畠山一族の政長（1442～93）を擁立し対立し、その後斯波氏でも惣領の義健（1435～52）が跡継ぎがいないまま死去し、一族から迎えられた義敏（1435?～1508）と九州探題渋川氏の一族から迎えられた義廉（1447～?）が家督を争いました。
室町幕府の管領家で家督争いが続く中、将軍家でも家督相続で争いがはじまりました。8代将軍
足利義政（1436～90）が弟の
足利義視（1439～91）を後継者と定めた翌年に、義政の子
足利義尚（1465～89）が妻
日野富子に誕生したことで、将軍位を巡って両者の争いが始まったのです。当時幕府政治の実権を巡って争っていた
細川勝元（1430～89）と
山名持豊（宗全，1404～73）がそれぞれ義視と義尚を支持したため対立が激化し、
1467年（応仁元年）5月に、全面戦争に発展しました。
守護大名は東軍と西軍に分かれ、細川方（東軍）に
畠山政長・斯波義敏・赤松政則ら24カ国16万人、山名方（西軍）には
畠山義就・斯波義廉ら20カ国11万人がそれぞれの陣営となり戦いが始まりました。当初、将軍邸を占拠して義政・義尚・義視の身柄を確保した東軍が有利となりますが、8月に大内政弘が周防・長門・豊前・筑前の大軍を率いて西軍に合流し、東軍を将軍邸に追い込みました。こうした状況の中で、1468年（応仁2年）に東軍に担がれていた義視が将軍邸を抜け出し西軍に走り、西軍は彼を将軍に立てて幕府とし、東西に2つの幕府が成立することになり、以後戦況は膠着状態に入りました。主戦場の京都は荒廃し、戦乱は地方に広がっていきました。1473年（文明5年）に、両軍の大将の持豊・勝元が相次いで死去したことや1477年（文明9年）に主戦派の畠山義就・大内政弘が下国（任国に戻ること）し、和睦が結ばれることになりました。こうして京都の戦いは終結しますが、争いは全国で続き、室町幕府の権力は衰退し、幕府体制・荘園制が破壊されていきました。
応仁の乱によって全国的に戦乱が広がる中、
山城の国一揆など国人一揆が起こり、下の者が上の者の勢力を凌いでいく下克上が常体化していきました。また1488年（長享2年）には本願寺の
蓮如を教主とする一向宗が
加賀の一向一揆を起こし、門徒が国人と手を結び守護富樫政親を倒し、以後一世紀ほど本願寺領国が続きました。
