禁教と寺社
徳川幕府の成立以前から、少しずつ日本に布教していったキリスト教は、はじめ黙認されていました。しかし、次第に交易を巡って争うようになったヨーロッパ諸国は、次第に他国の布教を中傷するようになり、オランダ人の中傷により、キリスト教布教がスペイン・ポルトガルの侵略に使われているという情報を信じた幕府は、1612年（慶長17年）直轄領に禁教令を出し、翌年には全国に広げ、改宗を強制しました。これ以降、幕府は宣教師やキリスト教信者に対し、処刑や国外追放など激しい迫害をはじめました。キリスト教迫害の例として、1614年（慶長19年）に
高山右近ら300名あまりをマニラとマカオに追放し、1622（元和8年）に長崎で55名の宣教師・信徒を処刑した
元和の大殉教などが挙げられます。
1637年（寛永14年）から翌年にかけては
島原の乱が起こりました。これは度重なる飢饉により飢えた民衆に対し、島原城主松倉重政父子と、天草領主寺沢広高が過酷な年貢を課し、キリスト教を弾圧した事による一揆がはじまりでした。キリシタン大名の有馬晴信と小西行長の領地であった同地で、小西行長の遺臣増田好次の子で16歳の
天草四郎時貞を首領に頂いた一揆3万人は原城跡に立てこもり、幕府が派遣した板倉重昌の軍をはねのけました。ついで、老中松平信綱が九州の諸大名12万を率い兵糧攻めにし、オランダ船の砲撃も行わせ、ようやくこの乱を鎮圧させました。
この島原の乱は幕府に大きな衝撃を与え、これ以降、キリスト教根絶のため九州北部などで踏絵を行わせました。さらに禁教を徹底させるため、1640年（寛永17年）には
宗門改役をおき、1664年（寛永4年）にはこれを諸藩に設置し、宗門改がはじまりました。同時に、幕府に反発する日蓮宗不受不施派も一向一揆弾圧以降禁止されました。
幕府は、こうした人々が他の宗教を信仰しないように、
寺請制度を施行し、すべての民が
檀那寺をもつようになりました。また、全国の仏教寺院には本山・本寺に末寺を掌握させる本末制度を取らせました。1665年（寛文5年）には、仏教寺院僧侶全体に
諸宗寺院法度を発布し、教団の幕府への窓口として触頭を設けさせました。
神社に対しては、同年に
諸社禰宜神主法度を出し、吉田神道のように唯一神道を学ばせることを命じました。他方で白川家の神社支配も認め、双方が並立して全国の神社を統制しました。修験道では、天台系（本山派）は聖護院門跡が、真言系（当山派）は醍醐寺三宝院門跡が統制し、また陰陽道では公家の土御門家が全国の陰陽師を配下に置きました。
