ネフェルティティの死については不明な点が多く、彼女の墓も未発見です。彼女は紀元前1330年頃に亡くなったと推測されていますが、その原因は不明です。一説には、疫病や流産、暗殺などが挙げられていますが、確かな証拠はありません。彼女の死後、アクエンアテンは彼女の娘の一人であるメリタトンと結婚しましたが、彼もすぐに死去しました。その後、ツタンカーメンが王位につきましたが、彼も若くして死亡しました。これらの死は、アマルナの王室の血統の衰退や、アテン信仰の反対者による陰謀の結果とも考えられています。
ネフェルティティの墓は未だに発見されていませんが、いくつかの可能性が提案されています。一つは、アマルナの王宮の近くにある王妃の墓の一つである墓26であるという説です。この墓は未完成であり、ネフェルティティの名前や像が見られませんが、彼女の娘の一人であるメキテトンのミイラが発見されました。この墓は、ネフェルティティが夫の死後に女王として治めたという仮説に基づいています。もう一つは、ツタンカーメンの墓の隣にある隠された部屋であるという説です。この部屋はレーダー探査によって発見されましたが、まだ開かれていません。この部屋には、ネフェルティティのミイラや財宝があるという推測がありますが、これは確認されていません。
ネフェルティティは、ベルリンのノイエス博物館に展示されている胸像によって世界的に有名になりました。この胸像は、1912年にドイツの考古学者ルートヴィヒ・ボルヒャルトによってアマルナから発掘されました。この胸像は、ネフェルティティの美しさと気品を表現しており、古代エジプトの芸術の傑作として広く称賛されています。この胸像は、左目に虹彩がないことで有名ですが、その理由は不明です。一説には、彫刻家が完成させる前に死んだためだとか、ネフェルティティが失明したことを示すためだとか、アテンの目と対比するためだとか言われていますが、確かなことはわかりません。
ネフェルティティの胸像は、エジプト政府からの返還要求にもかかわらず、ドイツに留まっています。ドイツは、この胸像は正当な方法で入手したものであり、エジプトに返す義務はないと主張しています。この問題は、古代エジプトの遺産の所有権や文化的アイデンティティに関する論争の一例となっています。
ネフェルティティは、古代エジプトの歴史の中でも最も有名で影響力のある女性の一人です。彼女は夫とともに宗教改革を行い、王と同等の権威と地位を持ち、美術や文化の発展に貢献しました。