19世紀以降のヨーロッパでは、キリスト教の束縛から脱して、大学を中心に学問が急速に発達していきました。ダーウィンの進化論は1870年代後半にアメリカの動物学者で帝国大学理科大学（のちの東京帝国大学理学部）の教授モースらによって日本に紹介されました。日本にはこうした学問の発展が宗教的に阻害されることが少なく、学問の発展が早くから進みました。
明治時代初期、近代化を進めていた明治政府は、積極的に外国人教師を世界各国から招聘し、様々な分野で科学的研究が盛んになりました。

人名（国名）	業績
ボアソナード（仏）	法典編纂
モッセ（独）	地方自治制制定
ロエスレル（独）	憲法起草
ジェーンズ（米）	熊本洋学校
ヘボン（米）	伝道師・医師
フルベッキ（米）	伝道師・教育
ケーベル（露）	ドイツ哲学
フェノロサ（米）	古美術・哲学
ラグーザ（伊）	彫刻
フォンタネージ（伊）	洋画
キヨソネ（伊）	紙幣印刷・銅板
ハーン（英）	文学
リース（独）	実証主義歴史学
マレー（米）	教育行政
クラーク（米）	札幌農学校
モース（米）	動物学・考古学
ナウマン（独）	地質学
ミルン（英）	地震学
ホフマン（独）	ドイツ医学移植
ベルツ（独）	東京医学校
ウイリス（英）	東大病院
ワグネル（独）	陶器・硝子
ケプロン（米）	北海道開拓
ケルネル（独）	駒場農学校

こうした外国人教師の指導により、1890年代以降日本人学者の研究も進むようになりました。

人名	業績
大森房吉	地震計考案（1901）
木村栄	緯度変化公式のZ項（1902）
長岡半太郎	原子模型理論（1903）
北里柴三郎	破傷風菌免疫
志賀潔	赤痢菌発見（1898）
野口英世	蛇毒・梅毒培養
秦佐八郎	サルバルサン発明
高峰譲吉	アドレナリン創製
鈴木梅太郎	ビタミンB1発見
牧野富太郎	植物分類学
菊池大麓	近代数学
下瀬雅允	下瀬火薬
豊田佐吉	自動織機（1897）
井上哲次郎	ドイツ哲学
大西祝	ドイツ哲学
梅謙次郎	フランス法
富井政章	フランス法
穂積陳重	イギリス法
田口卯吉	経済学・『日本開化小史』
久米邦武	日本史
重野安繹	日本史
三上参次	日本史
那珂通世	東洋史
白鳥庫吉	東洋史
内藤湖南	東洋史
坪井九馬三	西洋史
芳賀矢一	国文学
藤岡作太郎	国文学

歴史学の分野ではドイツ流の実証主義歴史学が帝国大学の主流となり、帝国大学内には史料編纂掛（のち資料編纂所）がおかれ、『大日本史料』『大日本古文書』などの編纂事業が進められました。

こうした大学を中心とした学問研究や高等教育は、明治前期には外国人の学者の貢献が大きかったものの、明治後期になると留学から帰国した学者により日本語で研究が進められ、西洋の学問を西洋の言語ではなく自国の言語で行われたのは、アジア諸地域の中でも珍しいものでした。