この頃、ポルトガルはマカオを基地としてアジア貿易に積極的に進出し、特に中国産の生糸（白糸）を長崎に運び、利益をあげていました。これに対し幕府は、1604年（慶長9年）に糸割賦制度を設け、糸割賦仲間という独占商人に一括購入させることにより、ポルトガル商人の利益独占を阻みました。

日本人の海外進出も盛んになり、徳川幕府は朱印状を与え、これを携えた船を朱印船といいました。大名の島津家久・松浦鎮信・有馬晴信や長崎の末次平蔵・摂津の末吉孫左衛門・京都の角倉了以・茶屋四郎次郎、堺の納屋助左衛門・松坂の角屋七郎兵衛などが交易で活躍しました。この朱印船貿易はオランダ船・明船をしのぎ、ポルトガル船に並ぶほど盛んな時期もありました。輸出も盛んで、銀・銅・鉄・樟脳などが主な商品でしたが、特に銀は世界産出量の三分の一を占める輸出額でした。また日本人の海外進出に伴い、各地に日本町が作られ、アユタヤの山田長政などタイの王朝に仕えるものも出てきました。

江戸幕府の対外政策の基本方針は、キリスト教は禁教するが貿易は奨励するというものでした。しかし、次第に九州などの西国大名の利益を抑えて幕府の貿易独占を目指すようになり、海外貿易を幕府の厳重な管理下に置くようになっていきました。幕府は1616年（元和2年）にスペイン船の来航を禁止し、イギリスも競争に敗れ1623年（元和9年）に平戸商館を閉鎖しました。

ついで幕府は、1633年（寛永10年）に朱印状の他に老中奉書をもった奉書船以外の海外渡航を禁止し、1635年（寛永12年）には日本人の海外渡航を禁止し、在外日本人の帰国も認めないようになりました。1637年（寛永16年）に島原の乱が起こると、幕府内でキリスト教に対する警戒感が増し、1639年（寛永16年）にポルトガル船の来航も禁止されました。1641年（寛永18年）には平戸のオランダ商館が長崎の出島に移され、中国との私貿易とともに長崎奉行の厳しい監視のもとに置かれるようになりました。


こうして、幕府の統制が強まり、長崎に来航する貿易船はオランダ船と中国船に限定されました。オランダはバタヴィア（現在のジャカルタ）の東インド会社の出張所として長崎の出島に商館を置き、生糸・毛織物・絹織物・綿織物・薬品・時計・書籍などを日本にもたらしました。日本からは、銀・銅・伊万里焼・樟脳が輸出され、伊万里焼や柿右衛門はアムステルダムの王侯貴族に重宝されました。

幕府はオランダ船の来航のたびにオランダ商館長（甲比丹）が提出するオランダ風説書によって海外情勢に関する情報を得るようになりました。またオランダ商館長たちは自弁で定期的に江戸参府を行い、東インド会社に独占的な利益をもたらしました。

明から清へと王朝が変わるにつれ、清船が中国産の生糸・絹織物・書籍・西洋の綿織物や毛織物・南洋産の砂糖・蘇木・香木などをもたらしました。幕府は1685年（貞享2年）に糸割賦制度を再興し、1688年（元禄元年）に清船の来航を70隻に制限しました。また、長崎に唐人屋敷を設置し、清国人の生活を監視しました。