平安時代後期以降、武士は有力者の庇護をもとめ主従関係を結んでいきました。この時代、主は上皇・女院・摂関・貴族たちなどで、一人の武士が複数の主を持つことも多かったといわれています。源平の戦いがはじまると、関東地方の武士たちは源頼朝を自分たちの権益を守るものとして認識し、競って従者となっていきました。その後、源氏の勢力が拡大し、源頼朝が強大な力を持つようになると、服属する武士は全国に広がっていきました。

将軍と強固な主従関係を結んだ武士はとくに御家人と呼ばれ、源頼朝は御家人に対し主に地頭に任命することによって先祖伝来の所領の支配を保障しました。これを本領安堵といいます。このことを保障されたことは、武士にとって御恩であり、また功績のあったものは新恩給与として新しい領地を与えられることも御恩でした。

御恩を受けた御家人は、従者として奉公を果たす義務がありました。戦時には命をかけて戦い、平時には京都大番役、鎌倉番役など警護を行いました。御家人は数年に一度大勢の従者を率いて京都や鎌倉に参上しました。この費用はすべて自弁であり、経済的に大きな負担でした。

開発領主として力をつけた東国武士団は、幕府のもとに御家人として組織され、地頭に任命され、各々の所領の支配を将軍から保障されました。このように土地の給与を通じて主人と従者が結びつく関係を封建関係といい、封建関係をもとにした政治・社会制度を封建制度と呼びます。

土地を媒介に御恩と奉公が成立した将軍と御家人の緊密な主従関係はそれまでの貴族社会にはみられず、鎌倉幕府は封建制度に基づく日本で最初の政権となりました。

しかし、一方でこの時代京都の朝廷や荘園領主である貴族・大寺社の力は残っており、政治・経済の面でも幕府と朝廷、幕府と荘園領主という二元支配が特徴でした。朝廷は平安時代と同じように、形式的に国司を任命し全国の一般行政を統括しており、貴族・大寺社は国司や荘園領主として莫大な収益を握っていました。御家人の中にも、依然として朝廷の有力者や皇族・貴族を主人と仰ぐ者もいました。

幕府経済に目をやると、征夷大将軍の源頼朝は関東知行国（関東御分国）と関東御領を所有しており、将軍の直轄領として巨額の所領収益を得ていました。このように、鎌倉幕府は荘園・公領の経済体制の上に成立していたことがわかります。この時代の幕府は、封建的な政権でしたが、同時に旧来の荘園制を否定することのできない未熟な政権であり、そのことが幕府と朝廷が併存できた大きな理由でもありました。

幕府と朝廷は、農民や商人に対して支配者として共通面を持っていました。幕府は守護・地頭を通じて全国の治安維持にあたり、年貢を上納しない地頭を罰するなど一方では朝廷の支配や荘園・公領の維持を助けました。しかし、幕府は徐々に全国の実権を握ろうと動き始め、そのため守護・地頭と国司・荘園領主との間で紛争が頻発するようになりました。やがて在地で荘官が地頭にかわっていくと、幕府の現地支配は一層強まりました。