16世紀のヨーロッパを席巻した宗教改革の激動期において、マルティン＝ルターがその口火を切り、預言者的な情熱でカトリック教会の教義に挑戦した第一世代の改革者であるとすれば、ジャン＝カルヴァンはその後に続く第二世代の最も卓越した組織者であり、体系的な思想家でした。彼は、プロテスタントの教えを包括的かつ論理的な神学体系へとまとめ上げ、それをジュネーヴという一つの都市国家において、教会組織、社会制度、そして市民生活の隅々にまで浸透させるという壮大な実験を敢行しました。カルヴァンの思想と実践は、ジュネーヴの城壁をはるかに越えて広がり、フランスのユグノー、オランダの改革派教会、スコットランドの長老派教会、そしてイングランドのピューリタンを経て新大陸アメリカへと渡り、近代西欧世界の宗教的、政治的、そして経済的な発展に計り知れないほど深く、永続的な影響を及ぼしました。彼の生涯は、亡命と苦難、神学的な論争、そして不屈の意志に満ちたものであり、一人の人間が思想の力によっていかに歴史を動かしうるかを雄弁に物語っています。




ジャン＝カルヴァン、本名ジャン＝コーヴァンは、1509年7月10日、北フランスのピカルディ地方にある都市ノワイヨンで生を受けました。彼の出自は、宗教改革の他の指導者たち、例えば農民出身のルターやツヴィングリとは異なり、新興の中産階級に属していました。父ジェラール＝コーヴァンは、ノワイヨン司教区の有能な法律顧問兼教会管財人であり、その抜け目のない手腕で教会と地域社会における地位を確立していました。母ジャンヌ＝ル＝フランは、敬虔なカトリック信者であり、カルヴァンが幼い頃に亡くなりましたが、その信仰心は息子の初期の精神形成に影響を与えたと考えられています。

父ジェラールは、聡明な次男ジャンの将来に大きな期待を寄せ、聖職者としてのキャリアを歩ませることを計画しました。彼は自らの教会内での影響力を行使し、ジャンがまだ12歳という若さで、ノワイヨン大聖堂の聖職禄（教会から給与が支払われる地位）を得ることに成功します。この聖職禄からの収入は、カルヴァンが高度な教育を受けるための経済的な基盤となりました。
1523年、14歳のカルヴァンは、父の意向に従い、神学を学ぶ準備のためにパリへと送られました。彼はまず、当時としては時代遅れの教育で知られていたマルシュ大学に入学しますが、そこで高名なラテン語学者マチュラン＝コルディエと出会います。コルディエは、生徒の人格を尊重し、古典ラテン語の純粋な美しさを教える優れた教育者でした。カルヴァンは彼の下で、後の彼の著作を特徴づけることになる、明晰で力強く、そして洗練されたラテン語の文体を習得しました。この師弟関係は生涯続き、後年カルヴァンはコルディエをジュネーヴのアカデミーに招聘することになります。
その後、カルヴァンはより厳格なモンテギュ学寮に移りました。ここは、エラスムスもかつて学んだ場所ですが、その過酷な規律と質の低い食事、そして保守的なスコラ神学の教育で悪名高い学寮でした。カルヴァンはここで、中世後期の神学、特に唯名論の思想に触れ、論理的な思考力と弁証術を徹底的に鍛え上げられました。この厳しい訓練は、彼の神学体系の論理的整合性と緻密さに貢献した一方で、彼にスコラ神学への深い不信感を植え付けたとも言われています。彼はこの時期、非常に勤勉で、真面目な学生であり、学友たちからはその厳格さから「対格のアックサティーフ」というあだ名で呼ばれることもありました。

1528年頃、カルヴァンの人生に最初の大きな転機が訪れます。父ジェラールが、ノワイヨンの教会参事会との間で金銭的なトラブルを起こし、教会と対立するようになったのです。聖職者のキャリアに見切りをつけた父は、より実利的で儲かる道として、ジャンに神学から法学へ転向するよう命じました。この父の命令は、カルヴァン自身の内面的な変化とも共鳴した可能性があります。彼はすでに、スコラ神学の空虚な思弁よりも、ルネサンス人文主義の新しい知的な潮流に強く惹かれていました。
父の命令に従い、カルヴァンはフランスで最も優れた法学校の一つであったオルレアン大学に移り、当時最高の法学者と謳われたピエール＝ド＝レトワールに師事しました。その後、さらにブールジュ大学へと移り、イタリア出身の人文主義法学者アンドレア＝アルチャートの下で学びました。アルチャートは、法文の歴史的文脈を重視する新しい文献学的なアプローチをフランスに紹介した人物でした。カルヴァンはこれらの法学者たちから、テキストを厳密に解釈し、その歴史的背景を理解するための方法論を学びました。この法学的訓練は、後に彼が聖書を解釈する上で、その「原意」を正確に把握しようとする姿勢の基礎を形成しました。法学研究は、彼の思考に、明晰さ、論理的厳密さ、そして体系性という、生涯にわたる特徴を刻み込んだのです。
ブールジュ滞在中、カルヴァンはギリシャ語の学習にも本格的に取り組み始めました。これは、人文主義者にとって必須の教養であり、聖書（特に新約聖書）を原典で読むための鍵でした。彼は、ドイツから来た人文主義者メルキオール＝ヴォルマールの下でギリシャ語を学び、プロテスタントの思想にも初めて本格的に触れたと考えられています。
1531年、父ジェラールの死によって、カルヴァンは父の束縛から解放され、自らの意志でキャリアを選択する自由を得ました。彼は法学の道を捨て、長年の夢であった人文主義者としてのキャリアを追求するためにパリに戻りました。そして1532年、23歳の若さで、彼にとって最初の、そして唯一の人文主義的な著作である『セネカ「寛容について」の注解』を自費出版しました。この著作は、古代ローマのストア派哲学者セネカの論文に対する詳細な注解であり、カルヴァンの驚異的な古典の知識と文献学的な手腕を示すものでした。彼はこの本で、当時のフランス王フランソワ1世の不寛容な政策を、セネカの言葉を借りて穏やかに批判しようとしたとも解釈されています。この著作は、彼がプロテスタントの改革者となる前夜に書かれた、純粋な人文主義者としてのカルヴァンの姿を伝える貴重な証言です。

『セネカ注解』を出版した時点では、カルヴァンはまだ改革派の思想に完全にコミットしてはいませんでした。しかし、その後の1年ほどの間に、彼の内面に決定的な変化が起こります。彼自身が後に「突然の回心」と呼ぶことになる、劇的な精神的転換です。

カルヴァンの回心の正確な時期や状況については、彼自身があまり多くを語っていないため、謎に包まれています。しかし、その転換が公になったのは、1533年11月1日に起こった「ニコラ＝コップ事件」でした。この日、カルヴァンの親友であり、パリ大学の学長に就任したばかりのニコラ＝コップが、万聖節の祝賀演説を行いました。この演説は、ルターやエラスムスの思想を色濃く反映したもので、福音による救いや神の恵みを強調し、カトリック神学者たちを批判する内容でした。この演説の草稿作成にカルヴァンが深く関与していたことは、ほぼ間違いないとされています。
この演説は、保守的な神学者や宮廷を激怒させ、異端の疑いでコップとカルヴァンに対する弾圧が始まりました。コップはスイスのバーゼルへ逃亡し、カルヴァンもまた、パリからの脱出を余儀なくされました。彼は友人たちの助けを借りて、偽名を使いながらフランス国内を転々と逃亡する生活に入りました。この事件は、カルヴァンがもはや単なる人文主義的な同調者ではなく、改革派の思想を公然と支持する危険人物として当局に認識されたことを意味していました。

カルヴァンの亡命生活を決定づけたのが、1534年10月に起こった「檄文事件」です。この事件では、カトリックのミサを「耐え難い濫用」であると激しく攻撃する檄文（プラカード）が、パリ市内の各所、さらにはアンボワーズ城のフランソワ1世の寝室の扉にまで貼り出されました。この挑発的な行為は、それまでプロテスタントに対して比較的寛容な姿勢を見せることもあったフランソワ1世を激怒させました。王はこれを国家に対する反逆とみなし、フランス全土でプロテスタントに対する大規模で残忍な弾圧を開始しました。
この弾圧の嵐の中で、カルヴァンはもはやフランスに留まることはできないと悟りました。彼は聖職禄を正式に放棄し、カトリック教会との最後の絆を断ち切りました。そして1535年初頭、彼は数人の仲間と共に、宗教的亡命者たちの避難所となっていたスイスのプロテスタント都市バーゼルへと亡命しました。25歳のカルヴァンにとって、故郷フランスとの決別であり、宗教改革の指導者として、また国際的な亡命者として生きる、新たな人生の始まりでした。

バーゼルでの亡命生活は、カルヴァンにとって静かに研究に没頭できる貴重な時間となりました。彼はここで、ヘブライ語の学習を深め、旧約聖書の研究を進めました。そして何よりも、この時期に彼の名を不滅のものとする主著『キリスト教綱要』の初版を書き上げたのです。

1536年3月、バーゼルでラテン語による『キリスト教綱要』の初版が出版されました。これは、わずか6章からなるポケット版の小冊子でしたが、プロテスタント信仰の要点を、使徒信条、十戒、主の祈り、そして二つのサクラメント（洗礼と聖餐）という伝統的なカテキズム（信仰問答）の形式に沿って、明晰かつ体系的に解説した画期的な書物でした。
カルヴァンがこの本を執筆した動機は、二つありました。第一の目的は、プロテスタント信仰の初学者のための、分かりやすい手引書を提供することでした。彼は、多くの人々が福音に対する渇きを抱いているにもかかわらず、その基本的な教えを学ぶための適切な教材がないことを憂慮していました。綱要は、聖書全体を読み解くための鍵として、信仰の全体像を提示することを意図していました。
第二の、そしてより緊急性の高い目的は、弁証的なものでした。フランスで迫害されているプロテスタント信者たちの信仰を弁護し、彼らが過激な再洗礼派のような社会秩序を乱す異端者ではなく、聖書と古代教会の教えに忠実な真のキリスト教徒であることを、フランソワ1世に示すことでした。綱要の冒頭には、王に宛てた感動的な献辞が添えられています。その中でカルヴァンは、王にプロテスタントに対する偏見を捨て、彼らの主張に耳を傾けるよう訴え、もし聞き入れられないならば、彼らは神の裁きにすべてを委ねる覚悟であると、毅然とした態度で述べています。
この初版は、出版されるやいなや大きな反響を呼び、カルヴァンは一夜にしてプロテスタント世界における主要な神学者の一人として認識されるようになりました。そしてこの『キリスト教綱要』は、カルヴァンの生涯をかけたプロジェクトとなり、彼はその後20年以上にわたって改訂と増補を繰り返し、最終的には1559年に、初版の10倍以上の分量を持つ、全4巻80章からなるプロテスタント組織神学の金字塔とも言うべき大著へと発展させていくことになります。

『キリスト教綱要』の出版後、カルヴァンはしばらくイタリアのフェラーラ公国に滞在し、その後フランスでの所用を済ませて、ドイツのストラスブールで亡命学者として静かな生活を送るつもりでした。しかし、フランスと神聖ローマ帝国との間の戦争のために直接ストラスブールへ向かう道が閉ざされており、彼はやむなく南回りのルートを取り、1536年7月、スイスの都市ジュネーヴに一泊する予定で立ち寄りました。この偶然の滞在が、彼のその後の全生涯を決定づけることになります。

当時のジュネーヴは、宗教的にも政治的にも混乱の極みにありました。数ヶ月前に、ギヨーム＝ファレルという情熱的で猛烈な改革者の指導の下、カトリックのミサを廃止し、宗教改革を受け入れることを市民投票で決定したばかりでした。しかし、ファレルは優れた扇動家ではありましたが、新しい教会を組織し、市民を教育するための体系的な知識や組織力に欠けていました。彼は、ジュネーヴに秩序ある改革を根付かせるための助けを切実に必要としていました。
そこに、『キリスト教綱要』の著者である若きカルヴァンが滞在中であるというニュースが飛び込んできます。ファレルはすぐさまカルヴァンの宿を訪ね、ジュネーヴに留まって改革を手伝うよう、熱烈に要請しました。学者としての静かな生活を望んでいたカルヴァンは、この申し出を固辞しました。彼は、自分は実践活動には向かない内気な人間だと主張しました。しかし、ファレルは諦めませんでした。彼は、もしカルヴァンがこの危機的な状況にあるジュネーヴを見捨てて自分の研究生活を優先するならば、神の呪いがその研究の上に下るだろうと、預言者のような恐ろしい剣幕で宣言したのです。
カルヴァンは、このファレルの言葉に、あたかも神自身が天から手を伸ばして自分を捕らえたかのような、抗いがたい力を感じました。彼は後に、この時のことを「恐怖に打ちのめされ」、自分の計画を断念したと述懐しています。こうして、全く予期せぬ形で、カルヴァンのジュネーヴでの第一期の活動が始まりました。

カルヴァンは当初、「聖書の講師」という地味な役職から始めましたが、すぐにファレルと並ぶジュネーヴ改革の中心人物となりました。彼らは、ジュネーヴを真の福音的な都市へと変革するために、精力的に活動を開始しました。1537年、彼らは市参事会に「教会統治に関する条令」と「信仰告白書」を提出しました。
この改革案の核心は、教会の自律性と規律の確立にありました。彼らは、すべての市民がプロテスタントとしての信仰を公に告白すること、そして聖餐に与るにふさわしくない者を聖餐式から排除する「破門権」を、教会（長老会）が行使する権利を要求しました。彼らにとって、聖餐は神聖なものであり、不道徳な生活を送る者がそれに参加することは、聖なるものを汚す行為でした。教会の純潔を保つためには、規律が不可欠であると考えたのです。
しかし、この要求は、ジュネーヴの市参事会や多くの市民からの強い反発を招きました。ジュネーヴ市民は、長年の闘争の末にサヴォイ公とカトリック司教の支配からようやく解放されたばかりでした。彼らにとって、カルヴァンとファレルが導入しようとしている厳格な教会の規律は、司教の支配に代わる新たな形の圧制、すなわち「新しい教皇制」のように映りました。特に、破門権を教会が握るということは、市政の最終的な権威を自負する市参事会にとって、到底受け入れがたいものでした。彼らは、宗教的な事柄に関する最終的な決定権は、あくまでも世俗の政府にあるべきだと考えていました。
対立は次第に激化し、1538年の市参事会選挙で、カルヴァンとファレルに敵対する勢力が勝利を収めました。新たな参事会は、隣のプロテスタント都市ベルンの典礼様式（例えば、洗礼盤の使用や特定の祝日の遵守など）をジュネーヴにも採用するよう命じました。カルヴァンとファレルは、これらの様式自体は本質的な問題ではないとしつつも、教会に関する事柄を市参事会が一方的に決定することに原理的に反対し、この命令に従うことを拒否しました。その結果、1538年の復活祭の日、彼らは市参事会によってジュネーヴからの追放を宣告されました。カルヴァンの最初のジュネーヴ改革の試みは、わずか2年足らずで、完全な失敗に終わったのです。

ジュネーヴを追放されたカルヴァンは、深い失意のうちにバーゼルへと向かいました。しかし、そこで彼を待っていたのは、ドイツの自由都市ストラスブールの指導的改革者マルティン＝ブツァーからの温かい招聘でした。ストラスブールでの3年間（1538年秋から1541年秋まで）は、カルヴァンにとって、ジュネーヴでの苦い経験を乗り越え、より成熟した改革者として成長するための、極めて重要で実り豊かな期間となりました。

ストラスブールは、当時、宗教的寛容と活発な神学的議論で知られ、多くの宗教的亡命者を受け入れていました。マルティン＝ブツァーは、ルターとツヴィングリの神学の間に橋を架けようと努めた、穏健で経験豊かな改革者でした。カルヴァンは、このブツァーから多大な影響を受けました。
ブツァーは、カルヴァンに、ストラスブールに避難してきたフランス人亡命者のための教会の牧師になるよう勧めました。ここでカルヴァンは、初めて一教会の牧師として、説教、聖礼典の執行、信徒の魂の配慮といった、具体的な牧会活動に日々従事することになりました。ジュネーヴでは主に理論家、改革の立案者として活動していましたが、ストラスブールでは、生身の信徒たちと向き合い、彼らの悩みや苦しみに寄り添う経験を積みました。この経験は、彼の神学に、より実践的で牧会的な深みを与えました。
また、カルヴァンはブツァーの教会組織論から多くを学びました。ブツァーは、教会内に、牧師、教師、長老、執事という、新約聖書に基づくと考えられる四つの職務を設けることを提唱していました。この四職制の理念は、後にカルヴァンがジュネーヴで確立する教会制度の基礎となります。さらに、ブツァーは、教会の規律を維持しつつも、それを厳格すぎない、愛と配慮に満ちた形で適用することの重要性をカルヴァンに教えました。

ストラスブール時代は、カルヴァンの私生活においても重要な時期でした。友人たちの勧めもあり、彼は1540年に、イデレット＝ド＝ビュールという女性と結婚しました。彼女は、カルヴァンが回心させた再洗礼派の信者の未亡人で、二人の子供を連れていました。イデレットは、カルヴァンの良き理解者であり、彼の多忙で病気がちな生活を支える忠実な伴侶となりました。彼らの間には一人の息子が生まれましたが、残念ながらすぐに亡くなりました。イデレット自身も、わずか9年後の1549年に亡くなり、カルヴァンは深い悲しみに暮れ、再婚することはありませんでした。
この時期、カルヴァンは神学者としても大きな成長を遂げました。彼は、1539年に『キリスト教綱要』の第二版を出版しました。この版は、初版の3倍近い分量に増補され、より体系的な組織神学の書物としての性格を強めていました。また、彼は最初の聖書注解書である『ローマの信徒への手紙注解』を執筆しました。この注解書は、彼の聖書解釈の方法論、すなわち、聖書記者の「簡潔かつ明晰な」意図を、文法的・歴史的文脈に沿って忠実に解き明かすという原則を明確に示しており、その後の膨大な注解書シリーズの幕開けとなりました。
さらに、カルヴァンはプロテスタントとカトリックの神学者たちが一堂に会する宗教会談（ハーゲナウ、ヴォルムス、レーゲンスブルク）に、ストラスブール代表として参加しました。ここで彼は、フィリップ＝メランヒトンをはじめとするルター派の指導者たちと直接交流し、深い友情を育みました。これらの経験を通じて、彼はプロテスタント陣営内の神学的な多様性を学び、またカトリック神学に対する理解を深め、自らの神学的立場をより鮮明にしていきました。
ストラスブールでの3年間は、カルヴァンを、ジュネーヴでの失敗から学んだ、より賢明で、忍耐強く、そして実践的な指導者へと変貌させました。彼は、理論だけでなく、現実の教会をどのように運営していくかという知恵を身につけたのです。この成熟がなければ、その後のジュネーヴでの成功はあり得なかったでしょう。

カルヴァンがストラスブールで充実した日々を送っている間、ジュネーヴの情勢は再び混乱に陥っていました。カルヴァンを追放した反カルヴァン派の政権は、都市をうまく統治することができず、市民の支持を失っていきました。さらに、カトリック教会は、この機に乗じてジュネーヴを再びカトリックの陣営に引き戻そうと画策し、高名な枢機卿ヤコポ＝サドレートが、ジュネーヴ市民にカトリック教会への復帰を促す丁重な書簡を送りつけてきました。市参事会は、このサドレートの説得力ある書簡に反論できる人物が市内におらず、窮地に陥りました。

絶望した市参事会は、他に頼るあてもなく、追放したカルヴァンに助けを求めるという皮肉な決断を下します。カルヴァンは、自分を追放した都市からの要請にためらいを感じましたが、ジュネーヴの改革の炎が消えることを憂慮し、サドレートへの返書を執筆することに同意しました。
1539年に書かれたカルヴァンの「サドレートへの返書」は、彼の最も優れた弁証的著作の一つとされています。その中で彼は、真の教会とは何か、そしてなぜ改革が必要であったのかを、聖書と初期の教父たちの権威を引用しながら、力強く、かつ雄弁に論じました。彼は、サドレートが教会の外面的な組織や伝統の継承を重視するのに対し、真の教会のしるしは、純粋な福音の説教と、キリストが制定された通りの聖礼典の正しい執行にあると主張しました。そして、自分たちが教会から分離したのではなく、むしろローマ教会こそが、古代の純粋な教えから逸脱したのだと反論しました。この見事な返書は、プロテスタント陣営から喝采を浴び、ジュネーヴ市民のカルヴァンに対する評価を劇的に好転させました。
ジュネーヴの親カルヴァン派は勢いを取り戻し、1540年には市参事会がカルヴァンの追放を取り消し、彼にジュネーヴに戻って改革を完成させるよう、正式に懇願することを決定しました。カルヴァンは、ジュネーヴでの苦い経験を思い出し、当初はこの要請に激しく抵抗しました。「日に千度死んだ方がましだ」と友人に書き送るほどでした。しかし、ストラスブールでの恩師ブツァーや、かつての盟友ファレルの説得を受け、これを再び神からの召命として受け入れることを決意します。彼は、自分の意志ではなく、神の導きに従う僕として、1541年9月13日、3年半ぶりにジュネーヴの地を踏みました。

ジュネーヴに帰還したカルヴァンは、時間を無駄にしませんでした。彼は市参事会に対し、改革を進めるための条件として、教会を統治するための明確な憲法を制定することを要求しました。彼の指導の下で起草され、1541年11月に市参事会によって承認されたのが、『教会憲規』です。これは、ジュネーヴ教会の組織と規律の基本構造を定めた、カルヴァンの教会改革の集大成とも言える文書でした。
『教会憲規』は、ストラスブールでブツァーから学んだ四職制の理念に基づき、ジュネーヴ教会に四つの職務を設置しました。
＝牧師：説教と聖礼典の執行、そして信徒の魂の配慮を担う。牧師団は、神学的な問題や牧師候補者の審査を行う。
＝教師：聖書の教えを教授し、神学教育を通じて教会の教義の純粋性を守る。ジュネーヴ＝アカデミーの教授たちがこの役割を担った。
＝長老：市参事会のメンバーの中から選ばれる12人の信徒の代表であり、牧師と共に市民の道徳生活を監督し、教会の規律を維持する。
＝執事：教会の慈善活動を管理し、貧民や病人の救済を担当する。
これらの職務の中で、最も重要かつ論争の的となったのが、牧師と長老から構成される「コンシストリウム」（教会会、長老会とも訳される）の役割でした。コンシストリウムは、毎週木曜日に開かれ、姦通、賭博、酩酊、家庭内不和、礼拝欠席といった、市民のあらゆる道徳的・宗教的な問題を取り扱い、当事者を召喚して審問しました。
コンシストリウムの権限、特に聖餐停止（事実上の破門）の権限をめぐっては、カルヴァンと市参事会との間で長年にわたる激しい権力闘争が繰り広げられました。カルヴァンは、教会の純潔を守るためには、この規律に関する最終的な権限が教会（コンシストリウム）に属するべきだと一貫して主張しました。一方、市参事会は、市民に対する司法権は国家に属するとして、この権限を手放そうとしませんでした。この闘争は、1555年にカルヴァンの支持派が市参事会で決定的な勝利を収めるまで続きました。この勝利によって、カルヴァンはついに、教会が国家からある程度独立した形で自らの規律を維持するという、彼の理想とする教会統治体制をジュネーヴに確立することに成功したのです。

カルヴァンの指導下のジュネーヴは、しばしば「神政政治」と評されます。しかし、この言葉は誤解を招きやすいものです。カルヴァンは、聖職者が直接国家を統治するような体制を目指したわけではありません。彼は教会と国家を明確に区別し、それぞれが神から与えられた異なる役割（剣）を持つと考えました。国家は市民の身体と財産を守り、公共の秩序を維持する役割を担い、教会は魂の救いと精神的な事柄を担う、という分担です。
しかし、同時に彼は、国家の法律も神の法（聖書）の原則に沿うべきであり、国家は真の宗教を保護し、促進する義務を負うと考えました。その結果、ジュネーヴでは、教会（コンシストリウム）と国家（市参事会）が緊密に協力して、市民生活のあらゆる側面にわたる厳格な道徳的・宗教的規律を強制する体制が生まれました。ダンス、カード遊び、派手な服装、演劇などが禁じられ、市民は定期的な礼拝への出席を義務付けられました。この厳格な体制は、ジュネーヴを「プロテスタントのローマ」と呼ばれる模範的な都市へと変貌させた一方で、多くの内部的な対立と抵抗を生み出しました。

カルヴァンの最も手ごわい反対者は、「リベルタン」（自由派）と呼ばれるグループでした。このグループは、ペラン家やファヴル家といった、ジュネーヴの独立闘争で功績のあった古い有力市民層が中心でした。彼らは、カルヴァンを、自分たちの都市に乗り込んできた傲慢なフランス人のよそ者と見なし、彼が導入した厳格な規律を、自分たちの伝統的な自由と享楽的な生活様式に対する耐え難い束縛だと感じていました。
彼らは、コンシストリウムの権威、特に破門権に激しく抵抗し、市参事会においてカルヴァンの影響力を削ごうと画策しました。闘争は十数年にわたって続き、時にはカルヴァンの身の危険を感じさせるほど激しいものとなりました。彼は説教中に野次を飛ばされ、夜道で脅され、彼の子供に犬の名前をつけて嘲笑されるといった嫌がらせを受けました。しかし、カルヴァンは不屈の意志で自らの立場を守り続けました。
この長い闘争の転換点となったのが、1553年のセルヴェトゥス事件です。そして最終的に、1555年の市参事会選挙でカルヴァンの支持派が圧勝し、リベルタンの指導者たちは反逆罪で告発され、処刑されるか、あるいはジュネーヴから逃亡しました。これにより、カルヴァンのジュネーヴにおける指導的地位は、彼の死まで揺るぎないものとなったのです。

カルヴァンの生涯における最も論争の的となる出来事が、1553年のミシェル＝セルヴェトゥスの処刑です。セルヴェトゥスは、スペイン出身の医師であり、博学な思想家でしたが、三位一体とキリストの神性を否定し、幼児洗礼を攻撃するという、カトリックとプロテスタントの双方から異端と見なされる独自の神学思想を持っていました。
セルヴェトゥスは、長年にわたりカルヴァンと書簡を交わし、自らの思想を押し付けようとしていました。彼は匿名で主著『キリスト教の復興』を出版し、その中でカルヴァンの『キリスト教綱要』を激しく攻撃しました。この本が原因で、彼はフランスのヴィエンヌでカトリックの異端審問所に逮捕されますが、脱獄に成功します。そして不可解なことに、彼はイタリアへ逃亡する途中でジュネーヴに立ち寄り、カルヴァンの説教を聞いているところを発見され、逮捕されました。
カルヴァンは、セルヴェトゥスを神を冒涜する危険な異端者とみなし、彼の裁判において検察官の役割を果たしました。ジュネーヴ市参事会は、スイスの他のプロテスタント諸都市の教会に意見を求めた上で、セルヴェトゥスに有罪の判決を下し、火刑を宣告しました。カルヴァンは、火刑という残忍な処刑方法には反対し、より人道的な斬首刑を求めましたが、市参事会は彼の意見を聞き入れませんでした。1553年10月27日、セルヴェトゥスはジュネーヴ郊外のシャンペルの丘で火刑に処せられました。
この事件は、当時から多くの批判を呼びました。特に、カルヴァンの協力者であったセバスティアン＝カステリオンは、良心の自由を擁護し、「人をその信条のゆえに殺すことは、一つの教義を守るためではなく、一人の人間を殺すことだ」という有名な言葉で、カルヴァンの不寛容を非難しました。
セルヴェトゥス事件は、16世紀という時代の文脈の中で理解する必要があります。当時は、宗教的な異端は社会の秩序を根底から揺るがす重大な犯罪と見なされており、異端者を死刑に処すことは、カトリック、プロテスタントを問わず、広く行われていました。カルヴァンもまた、その時代の限界から自由ではありませんでした。しかし、この事件は、宗教的寛容という近代的な理念がまだ確立されていなかった時代の悲劇として、またカルヴァンの生涯における消しがたい汚点として、歴史に記憶されています。

リベルタンとの闘争に勝利し、ジュネーヴにおける指導権を確立したカルヴァンの晩年は、彼の構想を完成させるための、驚異的な活動の時期でした。彼の健康は、長年の過労と多くの病（偏頭痛、肺結核、腎臓結石など）によって著しく損なわれていましたが、その活動のペースが衰えることはありませんでした。

カルヴァンの最後の、そして最も永続的な功績の一つが、1559年に設立されたジュネーヴ＝アカデミーです。このアカデミーは、二つの部門から構成されていました。一つは、ジュネーヴ市民の子弟のためのラテン語学校（私立学校）、もう一つは、ヨーロッパ中から集まる学生たちに、神学、法学、医学などを教える高等教育機関（公立学校）でした。カルヴァンは、アカデミーの神学教授として自ら教鞭をとり、後継者となるテオドール＝ド＝ベーズを初代学長に迎えました。
アカデミーの設立目的は、単に教養ある市民を育てることだけではありませんでした。その真の目的は、ヨーロッパ全土における宗教改革を担う、高度な訓練を受けた牧師と指導者を養成することにありました。ジュネーヴは、カトリック諸国からの宗教的亡命者で溢れており、彼らはここでカルヴァンの神学と教会統治の理念を徹底的に学びました。そして卒業後、彼らは宣教師として、しばしば命の危険を冒しながら、故郷へと帰っていきました。
アカデミーは驚異的な成功を収め、瞬く間に国際的なカルヴァン主義の「士官学校」となりました。ここから、フランスのユグノー教会を組織する牧師たちが、スコットランドに長老制を確立するジョン＝ノックスのような指導者たちが、ネーデルラントの独立闘争を精神的に支える改革派の指導者たちが、そしてドイツや東ヨーロッパ各地に改革派の信仰を広める宣教師たちが、次々と送り出されていったのです。ジュネーヴは、カルヴァンの思想を世界に広めるための、知的かつ戦略的な拠点となりました。アカデミーを通じて、カルヴァンの影響力は、一都市の改革者のそれをはるかに超え、国際的な運動の指導者としての地位を不動のものにしたのです。

晩年のカルヴァンは、まさに文筆活動の巨人でした。病に蝕まれながらも、その執筆意欲は衰えることを知りませんでした。彼は、週に何度も説教を行い、その多くが速記されて後に出版されました。彼の聖書注解は、旧約聖書の大部分と新約聖書のほぼ全てを網羅する壮大な規模に達し、その明晰さと文献学的な厳密さにおいて、後世の聖書学に大きな影響を与えました。
そして1559年、彼は20年以上にわたる改訂作業の集大成として、『キリスト教綱要』の最終版（第五版）を出版しました。これは全四巻八十 章からなる大著であり、プロテスタント神学の最も包括的で体系的な陳述として、その後の改革派神学の規範となりました。
さらに、彼の活動はジュネーヴの書斎に留まりませんでした。彼は、ヨーロッパ中の改革派教会の指導者、王侯貴族、そして名もなき信徒たちと、膨大な量の書簡を交わしました。その手紙は、神学的な助言から、政治的な戦略、個人の悩みに対する牧会的な慰めまで、多岐にわたりました。彼は、この書簡ネットワークを通じて、ジュネーヴにいながらにして、ヨーロッパ各地の宗教改革運動を指導し、励まし、方向づけたのです。カルヴァンは、単なる一都市の指導者ではなく、国境を越えた「改革派インターナショナル」の紛れもない精神的指導者でした。

1564年の初めには、カルヴァンの体力は限界に達していました。彼はもはや歩くこともままならず、椅子に乗せられて教会に運ばれ、最後の説教を行いました。死期が近いことを悟った彼は、4月25日にジュネーヴの市参事会員たちを、28日には市内の牧師たちを自らの病床に呼び、感動的な告別の辞を述べました。
その中で彼は、自らの生涯を振り返り、多くの弱さや欠点があったことを認めつつも、常に神の栄光のために誠実に働いてきたことを証言しました。彼は、ジュネーヴの市民と牧師たちに、神の言葉に堅く立ち、改革の働きを継続していくよう、最後の力を振り絞って懇願しました。そして、自らの墓にはいかなる墓石も記念碑も建てないよう、固く命じました。それは、すべての栄光は神にのみ帰されるべきであり、人間がその栄光を少しでも奪ってはならないという、彼の生涯を貫く信念の最後の表明でした。
数週間の苦痛に満ちた闘病生活の後、1564年5月27日、夕暮れ時、後継者であるベーズに見守られながら、ジャン＝カルヴァンは54年の生涯を閉じました。ベーズの記録によれば、その最期は「眠るように穏やか」であったといいます。彼の遺言通り、遺体は簡素な布に包まれ、ジュネーヴの共同墓地のどこかに、何の印もないまま埋葬されました。今日に至るまで、彼の正確な埋葬場所は分かっていません。

ジャン＝カルヴァンの死後、彼の思想と実践は、テオドール＝ド＝ベーズをはじめとする後継者たちによって受け継がれ、ヨーロッパ、そして世界へと広がっていきました。その遺産は、宗教の領域にとどまらず、政治、経済、社会、文化のあらゆる側面に深く浸透し、近代世界の形成に複雑かつ多大な影響を与え続けています。

カルヴァンの教えは、ジュネーヴ＝アカデミーを拠点として、国際的な宗教運動であるカルヴァン主義（改革派信仰）へと発展しました。フランスでは、彼の思想はユグノーと呼ばれるプロテスタントたちの信仰の支柱となり、激しい宗教戦争を戦い抜く精神的な力となりました。ネーデルラントでは、カルヴァン主義はスペインからの独立戦争におけるイデオロギー的な旗印となり、オランダ改革派教会として国民的な教会を形成しました。
スコットランドでは、ジュネーヴで学んだジョン＝ノックスが、カルヴァンの教会統治モデルに基づいた長老制（プレスビテリアン）を導入し、スコットランド国教会を確立しました。イングランドでは、カルヴァンの思想はピューリタン運動に決定的な影響を与え、彼らの一部は後に信仰の自由を求めて新大陸アメリカへと渡り、初期のアメリカ植民地の精神的・社会的な基盤を築きました。このようにして、カルヴァンの思想は、大西洋を越え、近代民主主義や資本主義の発展とも深く関わっていくことになります。

カルヴァンの思想的遺産の中心にあるのは、徹底した神の主権の強調です。彼の神学では、創造、救済、歴史のすべてにおいて、神が絶対的な主権を持つと考えられます。この神中心の思想は、人間の側の功績や善行を徹底的に退け、救いはただ神の一方的な恵み（予定説）によるものであると主張します。この教えは、時に冷たく厳しいものと見なされますが、同時に、信者に神以外のいかなる地上の権威（教会であれ国家であれ）をも相対化する視点を与え、世俗的な成功や失敗に動じない、内面的な強さと確信をもたらしました。
また、彼の教会と国家の二王国論、すなわち両者の役割を区別しつつも、国家もまた神の法に従うべきであるという思想は、後の立憲主義や、暴君に対する抵抗権の思想の発展に寄与したと指摘されています。カルヴァン自身は政治的革命家ではありませんでしたが、彼の思想は、為政者が神の法に背く場合には、下級の役職者（あるいは市民）がそれに抵抗する権利を認める余地を含んでおり、これが後の政治思想に影響を与えました。
経済倫理の面では、ドイツの社会学者マックス＝ヴェーバーがその有名な著作『プロテスタンティズムの倫理と資本主義の精神』で論じたように、カルヴァン主義における職業召命観（世俗の仕事も神から与えられた神聖な務めであるという考え）や、禁欲的な生活態度が、勤勉と倹約を奨励し、結果として資本の蓄積を促して近代資本主義の発展に精神的な土壌を提供した、という説はあまりにも有名です。この説の妥当性については多くの議論がありますが、カルヴァンの思想が人々の労働観や経済活動に大きな影響を与えたことは間違いありません。