日本は連合国のポツダム宣言を受諾し、1945年（昭和20年）9月2日の降伏文書調印以降、1952年（昭和27年）4月28日の講和条約発効までの7年間、連合国〔軍〕最高司令官総司令部（GHQ-SCAP=General Headquarters, the Supreme Commander for the Allied Powers）により間接統治されました。

アメリカ軍の進駐開始からおよそ1ヶ月後、1945年（昭和20年）10月2日に総司令部（GHQ）が発足し、連合国〔軍〕最高司令官には、アメリカ太平洋陸軍総司令官のダグラス=マッカーサーが任命されました。

占領軍として上陸したマッカーサーに対し、アメリカ政府は1945年（昭和20年）9月22日付の「降伏後における米国の初期の対日方針」を伝え、11月1日に、「日本占領及び管理のための連合国軍総司令官に対する降伏後における初期の基本的指令」を与えました。後者は非常に包括的なもので、日本の軍事占領の基本目的、政治的・行政的改組、非軍事化、経済的非武装化、賠償方針、財政金融方針などについて、アメリカ側の方針が詳細に記されていました。占領期間に総司令部が行った諸改革構想の基本は、これに基づいたものでした。

占領政策決定の最高機関として、ワシントンに極東委員会が設置されました。極東委員会はアメリカ・イギリス・中国・ソ連・オーストラリア・オランダ・フランス・インド・カナダ・ニュージーランド・フィリピンの11カ国と、のとにビルマ・パキスタンを加えた13カ国で構成されました。

機構上は、極東委員会が最高機関であり、その下にアメリカ政府があり、アメリカ政府が占領国の日本への指令を作成・伝達することになっていました。ところが、この極東委員会の足並みが揃い、実際に機能したのは占領開始後半年たった1946年（昭和21年）2月26日でした。この間、総司令部は重要改革を決定する際、極東委員会の牽制を受けることがなかったため、さまざまな改革を断行することができました。また、極東委員会の中でも、直接的に日本の敗戦に重要な役割を果たしたアメリカは、日本占領に関して別格の地位でした。また、極東委員会の政策は、アメリカ政府を通じた統合参謀本部の指令として最高司令官に伝えられ、アメリカは他にも拒否権と中間指令権をもっていたため、極東委員会の役割は限定されたものになりました。東京にはアメリカ・イギリス連邦・ソ連・中華民国からなる対日理事会が最高司令官に対する諮問・協議・助言機関として置かれましたが、この機関は農地改革とソ連からの引き上げ問題以外に大きな役割を果たしませんでした。

このように、連合国軍という名前であったものの、事実上はアメリカ軍による単独占領であり、ドイツの占領政策と異なり、日本占領では総司令部が直接軍政を敷かず、既存の日本政府と行政機関を利用して間接的な管理を行いました。

間接統治とは、直接軍政の対語で、総司令部が企画・立案した政策は覚書・メモ・口述などの形式で命令として日本政府に伝達され、その命令を法律・政令・省令・規則などの形式に書き直して日本政府が施行する方式がとられました。

この仕組みで、アメリカ側は超法規的権力を有しており、アメリカ政府は、日本側が命令の実行を満足に遂行しなかった場合、日本側の人事機構の改変要求と直接行動をとる権限を総司令部マッカーサーに与えていました。こうした一例として、1945年（昭和20年）9月11日の東条英機らA級戦犯容疑者の逮捕や、同年10月4日の人権指令、翌年1946年（昭和21年）1月4日の公職追放など、この方針に基づき、日本側への事前通告なしに断行されました。

敗戦後、皇族の東久邇宮稔彦（王）を首班とする内閣が1945年（昭和20年）8月17日に発足し、内地・外地の日本軍の武装解除や、連合国軍の進駐受け入れ、降伏文書調印を無事に実行しました。この内閣は、皇族内閣として混乱の少ない戦後処理をやり遂げました。さらに日本政府は、同年9月20日にポツダム緊急勅令を公布し、総司令部の指令に基づき、法律の制定を待たずに命令を発することができるようになりました。

しかし、東久邇宮内閣は、戦犯の逮捕や処罰方針をめぐり総司令部と対立し、日本政府側が戦犯容疑者の裁判と処罰を日本側で行うことを提案し、総司令部がこれを認めませんでした。また、政治的・宗教的自由の制限撤廃に関する総司令部の10月4日指令を積極的に実行する意思がなかっため、内閣は総辞職しました。