アメンホテプ4世は、在位6年目には、テーベから約300キロメートル北にあるナイル川東岸の未開発の土地に、アテンのための新しい首都を建設することを発表しました。この都市はアマルナとして知られていますが、当時はアケテアテン（「アテンの地平線」という意味）と呼ばれていました。この都市は、アメンホテプ4世の新しい信仰の中心となりました。アメンホテプ4世は、アマルナに移った後も、エジプトの国内や外交の問題に対処しました。彼は、エジプトの属国であるシリアやパレスチナの反乱や侵略に対して、しばしば軍事的な支援を求める外国の王たちからの手紙を受け取りました。これらの手紙は、アマルナ文書として知られる粘土板に書かれており、アマルナの宮殿から発見されました。アメンホテプ4世は、これらの要求に対してどのように対応したかは不明ですが、彼の治世の後半には、エジプトの影響力はシリアやパレスチナで衰えていったと考えられています。一方、エジプトの国内では、アメンホテプ4世は、アテンの信仰を広めるために、多くの神殿や建物を建設したり、改築したりしました。彼はまた、自分とネフェルティティ、そして彼らの6人の娘（メリタテン、マケタテン、アンクセンパアテン、ネフェルネフェルウアテン・タシェリト、ネフェルネフェルレ、セテペンレ）の像やレリーフを多数作らせました。彼の芸術は、エジプトの伝統的な芸術とは大きく異なり、王家の人物を非常に自然主義的で表現的に描きました。彼らは、太陽の光線を受けて笑顔で抱き合ったり、子供たちと遊んだりする姿がよく表されました。しかし、彼の芸術は、彼の肉体的な特徴を誇張して描いたり、彼の妻や娘たちを男性的に見せたりすることもありました。これは、彼の宗教的な思想や、彼の性別や健康に関する問題を反映している可能性があります。

アメンホテプ4世の死因や死亡時期については、確かなことはわかっていません。彼は、おそらく紀元前1336年（または1334年）に、在位17年目に死去したと推定されています。彼の後継者は、彼の娘の一人であるアンクセンパアテンと結婚したスメンクカーレでしたが、彼はすぐに死去しました。その後、アンクセンパアテンは、彼の弟であるツタンカーメンと結婚し、彼は9歳でファラオに即位しました。ツタンカーメンは、アメンホテプ4世の宗教改革を取り消し、テーベに首都を戻し、自分の名前をツタンカテンからツタンカーメンに変えました。ツタンカーメンは19歳で死去し、彼の後をアイとホルエムヘブが継ぎました。彼らは、アメンホテプ4世とその直接の後継者たちの記憶を消そうとし、彼らの名前や像を破壊しました。アメンホテプ4世は、エジプトの歴史から忘れられらました。