8世紀、貴族や大寺院が地方に所有する別宅や倉庫などの建物群とその周りの墾田を合わせて私有地としました。これらが初期の荘園で、周辺の班田農民や浮浪人などを使って経営されました。のちにできてきた寄進地系荘園と比べ、墾田地系荘園と呼ばれます。

こうした初期荘園は、律令国家から不輸（租税免除）を認められなかったこともあり、経営が不安定でした。しかし、荘園の重要性が高まるにつれ、中央政府から不輸が認められたり、国司の地方支配が確立した後は国司により不輸が認められる荘園も出てきました。国司により不輸が認められた荘園を官省符荘といいました。

その後、大名田堵が勢力を拡大していくと、税の徴収をめぐって国司らと対立するようになりました。大名田堵らは、加納や出作と言った方法で中央の権力者や有力寺社に寄進し、租税免除を得る方法を取るようになりました。こうして新たに雑役免系荘園が特に近畿地方で多く生まれました。

こうして寄進による荘園が増えるとともに、官物などの調査官である検田使などの役人の立ち入りも拒否できる不入の特権を得る荘園も出てきました。不輸・不入の制度により荘園は国家支配から人民の私的支配へと移っていきました。国司は荘園領主と対立し、荘園の整理を行おうとしましたが、国司退任後の食い扶持をのこすため、退任間近になると荘園の認可を下す（国免荘）国司も現れるようになりました。

大名田堵は開発を進め開発領主と呼ばれるようになり、所領を権門勢家に寄進して荘園領主から下司や公文などの荘官に任じられ、所領の私的支配を更に進めました。寄進を受けた荘園の領主は領家と呼ばれ、この荘園が更に大貴族や天皇家に寄進されると、上級の領主は本家と呼ばれました。領家・本家の実質的支配権を持つものは本所と呼ばれました。これら寄進地系荘園は11世紀半ばから広まり、12世紀には一般的にみられるようになりました。


荘園の認可がおりると、荘園と国司の支配下にある公領（国衙領）の境に牓示が打たれ、正式に荘園として認められました。各地に荘園が増える中、国司の支配下にある公領も多くの部分を占めていました。国司は、国内を郡・郷・保などの単位に再編成し、豪族や開発領主をそれぞれ郡司・郷司・保司などに任命し、徴税を請け負わせました。また、国衙では、田所や税所などの行政機構を整備し、代官として派遣された目代の指揮にしたがって在庁官人が実務を行うようになりました。

国司が現地に赴任しないという状況が続いたことから、次第に在庁官人らは公領を自分たちの領地のように管理したり、荘園領主に寄進する者も出てきました。こうして大田文が作成され、荘園と公領の領主や田畠の数量を把握するようになり、荘園と公領に共通して一国平均役などの課役をかけるようになりました。内裏や伊勢神宮の造営の費用にこれらがあてられました。

荘園や公領では、耕地の大部分が名田とされ、かつての田堵はやがて名主と呼ばれるようになりました。彼らは作人という農民に田を耕作させ、年貢・公事・夫役などを領主に納めました。