16世紀のヨーロッパ地図において、ジュネーヴはアルプス山脈の麓、レマン湖のほとりに位置する、人口わずか1万人ほどの小さな都市国家に過ぎませんでした。しかし、この都市は宗教改革の激動の中で、その規模とは不釣り合いなほど巨大な歴史的役割を演じることになります。それは、フランスからの亡命者ジャン＝カルヴァンを精神的指導者として迎え入れたことで、国際的なカルヴァン主義運動の拠点、いわば「プロテスタントのローマ」へと変貌を遂げたからです。ジュネーヴは、単に新しい教義を受け入れた都市の一つではありませんでした。それは、聖書の教えに基づいて社会の隅々にまで改革を及ぼそうとする、壮大な宗教的＝社会的実験の舞台となったのです。
この都市で確立された教会組織、厳格な道徳規律、そして市民生活の変革は、ヨーロッパ全土から集まった亡命者たちによって学ばれ、彼らの故郷へと持ち帰られました。フランスのユグノー、スコットランドの長老派、オランダの改革派、そしてイングランドのピューリタンなど、その後の西欧世界の歴史を大きく動かしていくことになる諸運動は、その源流の多くをこのアルプスの小都市に発しています。宗教改革期のジュネーヴの物語は、一つの都市が、いかにして思想の力によって国際的な影響力を持つ中心地となり得たか、そして信仰が個人の魂だけでなく、社会全体の構造をも変革しようとした、情熱と葛藤の記録です。

ジャン＝カルヴァンがその名をジュネーヴの歴史に刻む以前、この都市はすでに大きな政治的＝宗教的変革の渦中にありました。16世紀初頭のジュネーヴを理解するためには、その複雑な権力構造と、独立を求める市民たちの長年にわたる闘争に目を向ける必要があります。

中世以来、ジュネーヴは神聖ローマ帝国に属する司教領であり、その最高統治者はジュネーヴ司教でした。司教は、都市の霊的指導者であると同時に、貨幣鋳造権や裁判権を含む世俗的な権力をも握っていました。しかし、その権力は絶対的なものではありませんでした。都市の城壁の外には、強力な隣人であるサヴォイア公国が領土を広げており、その野心的な君主たちは、戦略的にも経済的にも重要なこの都市を自らの支配下に置こうと、長年にわたって画策を続けていました。
サヴォイア公は、しばしば自らの一族の者をジュネーヴ司教の地位に就けることで、都市への影響力を確保しようとしました。これにより、ジュネーヴの政治は、司教＝サヴォイア公という外部の封建的権力と、自治権の拡大を目指す市民たちとの間の、絶え間ない緊張関係によって特徴づけられることになります。司教は名目上の君主でしたが、その背後には常にサヴォイア公の影がちらついていたのです。

このような外部からの圧力に対し、ジュネーヴの市民たちは、自分たちの手で都市を運営する権利を求めて闘いました。彼らは、商人や職人を中心とする共同体（コミューン）を形成し、徐々に自治の制度を発展させていきました。
都市の政治機構の中心にあったのが、市民総会、二百人会、そして小参事会（サンディック）という三つの評議会です。市民総会は、すべての男性市民が参加する最高議決機関でしたが、その役割は次第に形式的なものとなっていきました。実際の政治運営の権限は、より少数のエリート市民からなる二百人会と、その中から選ばれる25名の小参事会に集中していました。特に、小参事会とその議長である4名のサンディックは、日常的な行政、司法、そして外交を担う、都市の事実上の政府でした。
15世紀から16世紀にかけて、市民たちは、サヴォイア公の干渉に抵抗し、司教からより多くの自治権を勝ち取るために、しばしば団結しました。この独立への渇望は、ジュネーヴの市民精神の根幹をなすものであり、後の宗教改革を受け入れるための重要な素地となりました。彼らは、政治的な自由を求める闘いの中で、外部の権威に対して批判的であり、自らの運命を自らの手で決定しようとする気風を育んでいたのです。

サヴォイア公の脅威がますます増大する中で、ジュネーヴの独立派市民は、新たな同盟者を求めました。彼らが目を向けたのが、アルプスの向こう側で強力な軍事同盟を形成していたスイス連邦の諸州、特にベルンとフリブールでした。
1526年、ジュネーヴの愛国者たちは、サヴォイア派の反対を押し切り、ベルンおよびフリブールとの間に同盟条約を締結します。これは、ジュネーヴの歴史における決定的な転換点でした。この同盟によって、ジュネーヴはサヴォイア公の軍事力に対抗するための強力な後ろ盾を得て、事実上、その政治的影響圏から離脱し、スイス連邦の軌道へと入ることになったのです。
しかし、この同盟は、ジュネーヴに新たな影響をもたらしました。同盟相手のベルンは、当時、ツヴィングリの宗教改革を受け入れ、プロテスタント陣営の強力な拠点となっていたのです。ベルンの宣教師や商人たちがジュネーヴを訪れるようになると、彼らは政治的な同盟関係だけでなく、新しい宗教的な思想をも持ち込みました。こうして、ジュネーヴの政治的な独立闘争は、期せずして、宗教改革という新たな潮流と結びついていくことになります。

ジュネーヴにおける宗教改革は、一人のカリスマ的な指導者の登場によって始まったわけではありません。それは、政治的な独立を求める闘争と、外部からのプロテスタント思想の流入が絡み合う中で、徐々に、そしてしばしば暴力的な対立を経て進展していきました。

1526年の同盟締結後、ベルンはジュネーヴにおけるプロテスタントの教えを積極的に後押ししました。ギヨーム＝ファレル、アントワーヌ＝フロマン、ピエール＝ヴィレといったフランス出身の説教者たちが、ベルンの支援を受けてジュネーヴに送り込まれました。
特に、情熱的で、時に激しい気性を持つギヨーム＝ファレルは、ジュネーヴ改革の原動力となりました。彼は、街頭で説教し、カトリックの聖職者と公開討論を行い、偶像破壊を扇動するなど、精力的に活動しました。彼の活動は、カトリックの信仰に留まろうとする司教派の市民たちとの間に、深刻な対立と騒乱を引き起こしました。都市は、プロテスタント支持派とカトリック支持派に二分され、教会での乱闘や街頭での衝突が頻発する、緊迫した状況に陥りました。
この混乱の中で、ジュネーヴの政治的指導者である市参事会は、難しい舵取りを迫られました。彼らの主な関心は、都市の独立と平和を維持することであり、必ずしも神学的な問題に関心があったわけではありません。しかし、強力な同盟者であるベルンからの圧力と、市民の間に広がる改革への支持を無視することはできませんでした。

事態が決定的に動いたのは1533年から1536年にかけてのことです。プロテスタント派の勢力が市参事会で優勢になるにつれて、カトリック教会への圧力が強まっていきました。ミサは禁止され、修道院は閉鎖され、聖職者たちは都市を去るか、改革を受け入れるかの選択を迫られました。
これに対し、司教ピエール＝ド＝ラ＝ボームは、サヴォイア公の支援を得て、武力で自らの権威を回復しようと試みました。しかし、これは逆効果でした。司教が都市の敵であるサヴォイア公と結びついたことで、多くの市民にとって、カトリック信仰は、外国の圧政と裏切りの象徴と見なされるようになったのです。
1535年、ベルンはジュネーヴを支援するために軍隊を派遣し、サヴォイア軍を撃退しました。この勝利は、ジュネーヴの政治的独立を決定づけると共に、宗教改革の勝利をも意味しました。司教は完全にその権力を失い、二度とジュネーヴに戻ることはありませんでした。
そして1536年5月21日、市民総会がサン＝ピエール大聖堂の前で開かれ、市民たちは挙手によって、「神の福音と神の言葉に従って生きる」ことを誓いました。これは、ジュネーヴが公式にプロテスタントの信仰を受け入れ、ローマ＝カトリック教会から離脱したことを宣言する、歴史的な瞬間でした。ジュネーヴは、政治的にも宗教的にも、独立した共和国となったのです。しかし、古い秩序を破壊した後の都市には、新しい教会をどのように組織し、市民の生活をどのように律していくかという、大きな課題が残されていました。この混沌とした状況の中に、一人の若きフランス人学者が偶然立ち寄ることになります。彼の名は、ジャン＝カルヴァンでした。

1536年の夏、イタリア旅行からの帰途にあったジャン＝カルヴァンは、戦争を避けるために回り道をし、偶然ジュネーヴに一泊することになりました。彼は、前年に出版した『キリスト教綱要』によって、すでにプロテスタント界で注目される存在となっていましたが、本人は静かな学究生活を送ることを望んでいました。しかし、この偶然の滞在が、彼とジュネーヴの運命を永遠に結びつけることになります。

カルヴァンがジュネーヴに滞在していることを聞きつけたギヨーム＝ファレルは、すぐに彼の宿を訪ねました。ファレルは、ジュネーヴの宗教改革を指導してきましたが、新しい教会を組織し、市民の道徳を確立するための体系的な知識と組織力に欠けていることを痛感していました。彼は、目の前にいるこの若き学者のうちに、神が遣わした助け手を見出したのです。
ファレルは、カルヴァンにジュネーヴに留まり、改革の働きに加わるよう熱心に説得しました。しかし、内気で研究好きなカルヴァンは、公的な活動の混乱を嫌い、その申し出を固辞しました。説得が無理だと悟ったファレルは、最後の手段に訴えました。彼は、預言者のような威厳をもって立ち上がり、もしカルヴァンがこの困難な時に神の召しを拒むならば、神の呪いが彼の学問の上に下るだろう、と雷のような声で宣言したのです。
後年、カルヴァン自身が述懐しているように、彼はこのファレルの「恐るべき強請」に打ちのめされ、まるで神の手が天から自分を捕らえたかのように感じました。彼は、自らの計画を断念し、不本意ながらもジュネーヴに留まることを決意しました。こうして、カルヴァンのジュネーヴにおける働きが始まったのです。

カルヴァンは、当初、「聖書の講師」として働き始めましたが、すぐにその卓越した知性と組織力によって、改革の中心的な役割を担うようになります。彼はファレルと共に、ジュネーヴ教会を聖書のモデルに基づいて再建するための、包括的な計画を作成しました。1537年、彼らは『ジュネーヴ教会改革に関する条令』を市参事会に提出しました。
この計画の中心には、二つの重要な要求がありました。第一に、すべての市民に、プロテスタントの信仰を明確に告白する「信仰告白」への署名を義務付けること。第二に、教会の純潔を保つために、教会の指導者（牧師と長老）が、不品行な生活を送る者を聖餐式への参加から排除する「破門権」を持つことでした。
これらの要求は、市参事会との間に深刻な対立を引き起こしました。市参事会のメンバーの多くは、政治的な理由からカトリック教会を追放しましたが、今度は牧師たちが自分たちの生活に干渉し、新たな「聖職者支配」を確立しようとしているのではないかと警戒しました。彼らにとって、破門権は、都市の司法権を脅かす、教会の越権行為と映ったのです。また、多くの市民も、カトリック時代よりもさらに厳格な道徳的規律を課そうとするカルヴァンたちのやり方に反発しました。
対立は、聖餐式の執行方法をめぐって頂点に達しました。ジュネーヴの同盟都市ベルンは、聖餐式でウエハース状のパンを用いるなど、いくつかの儀式を保持していました。ベルンとの良好な関係を維持したい市参事会は、カルヴァンたちにもベルンの慣習に従うよう命じました。しかし、カルヴァンとファレルは、教会の儀式に関する事柄は、国家ではなく教会が決定すべきであると主張し、この命令を拒否しました。さらに彼らは、都市全体の道徳的な規律が確立されるまで、聖餐式の執行そのものを停止すると宣言しました。

この事態に、市参事会は激怒しました。1538年の復活祭の日曜日、カルヴァンとファレルは、市参事会の命令に背き、説教壇から聖餐式の執行を拒否しました。その日のうちに、市参事会は二人に対して、3日以内にジュネーヴから退去するよう命じる追放令を出しました。
カルヴァンたちの最初の改革の試みは、わずか2年足らずで、完全な失敗に終わったように見えました。彼は、「人に仕えるよりも神に仕える方がましだ」と語り、ジュネーヴを去りました。彼は、人間の頑固さと、理想の実現の困難さを痛感しながら、亡命の地ストラスブールへと向かったのです。

ジュネーヴを追放されたカルヴァンは、ドイツの都市ストラスブールで、人生で最も穏やかで実り多い3年間を過ごすことになります。この時期の経験は、彼をより成熟した指導者へと変え、後のジュネーヴでの成功の基礎を築きました。

ストラスブールで、カルヴァンは、その地の指導的な宗教改革者であるマルティン＝ブツァーの温かい歓迎を受けました。ブツァーは、ルター派とツヴィングリ派の間の神学的な対立を乗り越えようとした、穏健で経験豊かな牧会者でした。カルヴァンは、ブツァーの下で、フランスからの亡命者たちのための教会の牧師として仕え、また神学を教えました。
ブツァーから、カルヴァンは多くのことを学びました。特に、教会組織に関するブツァーの思想は、カルヴァンに深い影響を与えました。ブツァーは、教会が健全であるためには、牧師、教師、長老、執事という四つの職務が不可欠であると考えていました。この「四職制」のモデルは、後にカルヴァンがジュネーヴで確立する教会制度の原型となります。また、ブツァーの牧会的な配慮や、神学的な寛容さも、ジュネーヴでの失敗で硬くなっていたカルヴァンの心を和らげ、より実践的な知恵を彼に与えました。
この時期、カルヴァンは結婚し、家庭生活の喜びと悲しみを経験しました。また、神聖ローマ帝国の宗教会議に代表として参加し、フィリップ＝メランヒトンをはじめとするルター派の指導者たちと交流を深め、プロテスタント運動の国際的な広がりを肌で感じました。彼は、もはやジュネーヴでの苦い経験に囚われた若者ではなく、ヨーロッパの宗教改革における指導者の一人として成長していたのです。

一方、カルヴァンが去った後のジュネーヴは、深刻な混乱に陥っていました。カルヴァンたちの後任となった牧師たちは、都市の道徳的な規律を維持する力を持たず、市民の生活は乱れました。市参事会内の政治的な対立も再燃し、都市は分裂状態にありました。
この機に乗じて、カトリック教会はジュネーヴを再びその影響下に引き戻そうと画策しました。ローマ教皇は、高名な枢機卿ヤコポ＝サドレートに、ジュネーヴ市民をカトリック信仰に復帰させるよう説得する手紙を書かせました。サドレートの巧みな手紙に対し、ジュネーヴの誰もが効果的な反論を書くことができずにいました。
この危機に際し、市参事会は、かつて自分たちが追放したカルヴァンに助けを求めることを決断します。彼らは、カルヴァンにサドレートへの返信を書くよう依頼しました。カルヴァンは、自分を不当に扱った都市からの要請にためらいを感じつつも、福音の真理が危機に瀕しているのを見て、筆を取りました。彼の書いた『サドレートへの返信』は、プロテスタントの信仰を力強く弁証し、カトリック教会の腐敗を鋭く批判する、見事な文書でした。この返信は、ヨーロッパ中で称賛され、カルヴァンの神学者としての名声を不動のものにしました。
ジュネーヴの指導者たちは、カルヴァンの偉大さを再認識し、彼なしでは都市の秩序と改革を維持できないことを悟りました。彼らは、カルヴァンにジュネーヴへ帰還し、再び教会の指導者となるよう、繰り返し懇願し始めました。
カルヴァンは、この要請に深く苦悩しました。彼は、ストラスブールでの穏やかな生活を愛しており、かつて自分を苦しめたジュネーヴの混乱の中に戻ることを考えると、「日に百度十字架にかかる方がましだ」とさえ感じました。しかし、ファレルをはじめとする友人たちの説得と、神の召命に対する責任感から、彼はついに自らの意に反して、ジュネーヴに戻ることを決意します。1541年9月13日、カルヴァンは、3年ぶりにジュネーヴの地を踏みました。今度は、追放された失敗者としてではなく、都市の存続のために不可欠な指導者として、迎え入れられたのです。

ジュネーヴに帰還したカルヴァンは、もはや以前のような若く未熟な改革者ではありませんでした。彼は、ストラスブールでの経験を経て、自らの理想を実現するための、より現実的で粘り強い戦略を身につけていました。彼は、ジュネーヴを「神の都市」の模範とするという壮大なビジョンを、今度こそ実現するために、精力的に活動を開始しました。

カルヴァンが帰還後、最初に取り組んだ仕事は、ジュネーヴ教会のための新しい憲法を作成することでした。彼は、市参事会に委員会の設置を要求し、その協力のもと、わずか数週間で草案を書き上げました。1541年11月20日、この草案は『教会規定』として、市参事会および市民総会によって承認されました。この文書は、その後のジュネーヴの宗教的＝社会的生活の基礎を定める、画期的なものでした。
『教会規定』の中心は、ブツァーの影響を受けた「四職制」の確立です。
第一に、牧師は、神の言葉を説教し、サクラメントを執行し、信徒を牧会する責任を負います。牧師たちは「牧師会」を組織し、神学的な問題や教会の運営について協議しました。
第二に、教師は、信徒に健全な教理を教える責任を負います。これは、後のジュネーヴ＝アカデミーの設立につながる、教育の重要性を示すものでした。
第三に、長老は、市民の信仰生活と道徳を監督する責任を負います。長老は、市参事会のメンバーの中から選ばれる12名の信徒であり、教会の規律を維持する上で中心的な役割を果たしました。
第四に、執事は、貧しい人々や病人、寡婦、孤児などを世話する、教会の社会福祉活動を担当しました。
この四つの職務は、教会が単に説教を聞く場所ではなく、教育、規律、そして社会奉仕という、生活のあらゆる側面に関わる共同体であることを示していました。

『教会規定』の中でも、最も重要かつ論争の的となったのが、コンシストリー（教会会議）の設立でした。コンシストリーは、ジュネーヴのすべての牧師と12名の長老から構成され、毎週木曜日に開かれました。その主な任務は、市民の道徳的および宗教的な生活を監督し、規律を維持することでした。
コンシストリーは、一種の道徳裁判所として機能しました。市民は、神への冒涜、礼拝の欠席、姦淫、賭博、過度の飲酒、派手な服装、不適切な歌や踊りなど、様々な理由で召喚されました。コンシストリーは、被告人を尋問し、罪を犯した者には、戒告、公的な謝罪、そして最終的には聖餐式への参加停止（破門）といった罰を科しました。
カルヴァンにとって、コンシストリーは、教会を聖なる共同体として保つために不可欠な機関でした。しかし、その機能は、多くの市民や市参事会との間に、絶え間ない緊張を生み出しました。特に、誰が最終的な破門権を持つかという問題は、カルヴァンの生涯を通じて、教会と国家の間の権力闘争の中心的な争点であり続けました。カルヴァンは、破門権が教会の霊的な権威に属すると主張しましたが、市参事会は、それを国家の司法権への侵害と見なし、自らの管理下に置こうとしました。この闘争は、1555年にカルヴァンの支持派が市参事会で完全な勝利を収めるまで、続くことになります。

カルヴァンの改革は、教会組織にとどまらず、ジュネーヴの市民生活のあらゆる側面に及んでいきました。彼の目的は、ジュネーヴを、聖書の教えが社会の隅々にまで浸透した、模範的なキリスト教共同体とすることでした。
コンシストリーの活動を通じて、市民の道徳は厳しく監督されました。居酒屋は規制され、賭博やカードゲームは禁止されました。劇の上演は厳しく制限され、贅沢な服装や宝飾品を身につけることも戒められました。子供たちには、聖書やカテキズム（信仰問答）に基づく厳格な教育が施されました。
衛生状態を改善するための条例が制定され、市場の規制が強化され、貧しい人々のための福祉制度が整備されました。カルヴァンは、怠惰を罪と見なし、すべての市民が、神から与えられた召命（職業）に勤勉に励むことを奨励しました。
このような改革は、ジュネーヴを、規律正しく、秩序だった都市へと変貌させました。しかし同時に、それは個人の自由を束縛する、息苦しい管理社会の側面も持っていました。多くの市民は、この厳格すぎる規律に反発し、カルヴァンとその支持者たちに対する抵抗が、彼の治世を通じて絶えることはありませんでした。

カルヴァンの改革は、決して順風満帆に進んだわけではありません。彼の神学的な権威と政治的な影響力は、長年にわたる激しい抵抗と、血なまぐさい論争を経て、ようやく確立されたものでした。

カルヴァンに対する最も執拗な反対勢力は、「リベルタン」（自由派）と呼ばれるグループでした。このグループは、ペラン家やファヴル家といった、ジュネーヴの古くからの有力な一族を中心としていました。彼らは、ジュネーヴの独立闘争においては愛国者でしたが、フランスからの亡命者であるカルヴァンが、都市の伝統的な生活様式を破壊し、外国人の影響力を強めていることに、強い反感と嫉妬を抱いていました。
彼らは、神学的な理由からではなく、主に政治的・個人的な理由からカルヴァンに反対しました。彼らは、コンシストリーの道徳的規律を、個人の自由への不当な干渉と見なし、しばしば公然とそれに挑戦しました。彼らはカルヴァンを「独裁者」と呼び、彼の説教を妨害し、夜中に彼の家の前で騒いだり、銃を発砲したりするなどの嫌がらせを繰り返しました。
この闘争は、1540年代後半から1550年代前半にかけて激化し、市参事会の選挙のたびに、カルヴァン派とリベルタン派が激しく争いました。一時は、リベルタン派が市参事会で多数を占め、カルヴァンの立場は再び危うくなりました。しかし、1555年、リベルタン派が起こした暴動が失敗に終わったことで、形勢は逆転します。首謀者たちは処刑されるか、都市から追放され、リベルタン派の勢力は一掃されました。この勝利によって、カルヴァンのジュネーヴにおける指導権は、ようやく不動のものとなったのです。

カルヴァンは、政治的な反対者だけでなく、神学的な異論を唱える者たちとも、激しく対決しなければなりませんでした。
セバスティアン＝カステリョは、かつてカルヴァンが校長に推薦したこともある人文主義者でしたが、聖書の解釈をめぐってカルヴァンと対立しました。カステリョは、『雅歌』を単なる男女の恋愛詩と見なし、その正典性を疑いました。また、キリストの地獄への降下についてのカルヴァンの解釈にも異議を唱えました。カルヴァンは、カステリョの主張を、聖書の権威を損なう危険なものと見なし、彼が牧師になることを拒否しました。カステリョはジュネーヴを去り、後年、カルヴァンの不寛容さを批判する、良心の自由を擁護する著作を発表することになります。
しかし、カルヴァンの神学論争の中で、最も有名で、かつ最も暗い影を落としているのが、ミシェル＝セルヴェトゥス事件です。セルヴェトゥスは、スペイン出身の医師であり、急進的な思想家でした。彼は、三位一体と幼児洗礼の教義を否定する著作を発表し、カトリックとプロテスタントの双方から異端者として追われていました。
1553年、セルヴェトゥスは、無謀にもジュネーヴに姿を現しました。彼はすぐに逮捕され、異端の罪で裁判にかけられました。裁判において、カルヴァンは検察官として、セルヴェトゥスの神学的な誤りを論証する中心的な役割を果たしました。セルヴェトゥスが自説を撤回することを頑固に拒否したため、市参事会は、彼に火刑を宣告しました。カルヴァンは、処刑方法をより人道的な斬首刑にするよう求めましたが、聞き入れられませんでした。1553年10月27日、セルヴェトゥスはジュネーヴの郊外で火刑に処せられました。
この事件は、カルヴァンとその治世に対する、最も深刻な汚点として、後世にわたって厳しい批判を浴びることになります。カステリョは、「人をその思想のゆえに殺すことは、一つの思想を守るためではなく、一人の人間を殺すことだ」という有名な言葉で、この処置を非難しました。この事件は、16世紀という時代が、宗教的な寛容という理念からいかに遠い場所にあったか、そして、真理を守るという大義が、時としていかに非情な結果をもたらしうるかを示す、痛ましい教訓となっています。

1555年以降、カルヴァンの指導権が確立されると、ジュネーヴは、その黄金時代を迎え、国際的なカルヴァン主義運動の中心地、すなわち「プロテスタントのローマ」としての役割を本格的に果たし始めました。

16世紀半ばのヨーロッパでは、カトリック諸国におけるプロテスタントへの迫害が激化していました。特にフランス、イングランド（メアリー1世の治世下）、イタリア、ネーデルラントなどから、何千人もの宗教的亡命者たちが、信仰の自由を求めてジュネーヴに押し寄せました。
ジュネーヴの人口は、1550年代には、亡命者の流入によって倍増したと言われています。これらの亡命者たちは、単に庇護を求める人々ではありませんでした。彼らの多くは、高い教育を受けた聖職者、学者、貴族、そして熟練した技術を持つ職人（特に印刷業者や時計職人）でした。彼らは、ジュネーヴの経済的・文化的な発展に大きく貢献すると同時に、カルヴァンの最も熱心な支持者となり、都市の宗教的な性格をさらに強めることになりました。彼らは、故国を捨ててまで信仰を選んだ人々であり、カルヴァンの厳格な規律を、圧政ではなく、神聖な共同体を築くための手段として、積極的に受け入れたのです。

カルヴァンのジュネーヴにおける最も永続的な功績の一つが、1559年に設立されたジュネーヴ＝アカデミー（現在のジュネーヴ大学）です。このアカデミーは、ジュネーヴ市民のための初等教育機関と、ヨーロッパ全土から学生を受け入れる高等教育機関の二つの部門から構成されていました。
アカデミーの真の目的は、ヨーロッパにおける宗教改革を担う、高度な訓練を受けた牧師と指導者を養成することにありました。カルヴァン自身が神学を教え、彼の後継者であるテオドール＝ド＝ベーズが初代学長を務めました。学生たちは、ここでカルヴァンの神学、聖書解釈、そして教会統治の理念を徹底的に学びました。
アカデミーは驚異的な成功を収め、瞬く間に国際的なカルヴァン主義の「士官学校」となりました。卒業生たちは、宣教師として、しばしば命の危険を冒しながら、故郷へと帰っていきました。彼らは、フランスのユグノー教会を組織し、スコットランドに長老制を確立し、ネーデルラントの独立闘争を精神的に支え、ドイツや東ヨーロッパに改革派の信仰を広めました。ジュネーヴは、アカデミーと、そこから生み出される活発な出版活動（特に『ジュネーヴ聖書』など）を通じて、カルヴァンの思想をヨーロッパ全土に広めるための、知的かつ戦略的な拠点となったのです。
スコットランドの改革者ジョン＝ノックスは、ジュネーヴでの滞在を振り返り、この都市を「使徒たちの時代以来、地上で最も完璧なキリストの学び舎」と呼びました。彼の言葉は、当時の多くのプロテスタントたちが、このアルプスの小都市に寄せていた憧れと敬意を象徴しています。ジュネーヴは、その厳格な規律と、揺るぎない信仰によって、迫害下にあるプロテスタントたちにとっての希望の灯台、そして来るべき神の国の地上の模範と見なされていたのです。