大量の物資を運ぶために、水上交通が発達しました。17世紀初めに菱垣廻船が用いられ、樽廻船とともに物資を運びました。東北や北陸の藩は蔵米を江戸に運ぶために直行路を望み、河村瑞賢が秋田から江戸に至る東廻り航路と、日本海沿岸をまわり大坂に至る西廻り航路を整備しまし、更に安治川を開きました。西廻り航路には北前船が用いられ、後期には蝦夷地にも行くようになりました。これ以外にも京都の商人角倉了以が富士川・天竜川・保津川・高瀬川を整備しました。


江戸時代初期の商人は外国船との取引で莫大な利益を上げましたが、その後交易が制限されると、問屋商人は希少性のある高価な商品取引に代わり、大量の商品を扱い利益を上げる方法にかえていきました。こうした状況に対応したのが越後屋（三井）などの新興商人でした。問屋商人たちは仲間をつくり、独自の仲間掟を定めて営業権を独占しました。江戸の十組問屋や大坂の二十四組問屋などが主な仲間でした。幕府は当初これらを認めませんでしたが、徐々に運上・冥加という営業独占権を認めました。この営業独占権を株と呼び、この仲間を株仲間といいます。仲買も同様に仲間を作り、零細商人は振売・棒手振などと呼ばれました。


金や銀の貨幣は金座・銀座で鋳造されました。金座は京都と江戸に置かれ、後藤庄三郎のもとで小判や一分金が鋳造されました。銀座は大黒常是のもとでまず伏見・駿府に置かれ、のちに京都と江戸に移され、丁銀・豆板銀を鋳造しました。金座・銀座はのちに江戸に一本化され、金貨は1両=4分、1分=4朱の4進法で数える計数貨幣で、銀貨は最初目方を図る秤量貨幣で、後に銀貨も2分・1分・2朱・1朱銀が鋳造されました。

江戸を中心とする東日本では金遣い、大坂などの西日本では銀遣いだったので、東西の商取引をつなぐ両替商が利益を上げました。三井両替店や大坂の天王寺屋・鴻池などは本両替と呼ばれ、現在の銀行に似た業務を行っていました。また、各地では藩経済の発展に伴い藩札を発行・流通させた藩もありました。