鎌倉幕府は船上山を攻撃するため、足利高氏（1305〜58）を京都に派遣しました。足利氏は源氏の名門で、代々北条得宗家と縁戚関係を結び、得宗家に次ぐ家格でした。しかし、鎌倉を発った足利高氏は、ひそかに後醍醐天皇と連絡を取り、討幕に転じ、各地の有力御家人に協力を求めました。

足利高氏の離反は、情勢を見極めていた全国の武士たちに大きな影響を与え、討幕派に転じた武士たちは、次々に各地の鎌倉幕府・北条氏の拠点を攻め始めました。足利高氏は、赤松円心らとともに六波羅を攻め落とし、関東では鎌倉を脱出した足利高氏の子千寿王（のちの足利義詮）のもとに多くの武士が集結しました。源氏一門の新田義貞（1301〜38）はこの大軍を指揮し、鎌倉に攻め入り、北条高時と一門・御内人は自害し、1333年（元弘3年）5月、鎌倉幕府はついに滅亡しました。

後醍醐天皇は伯耆を発ち、途中で光厳天皇の廃位を宣言し、京都に戻りました。こうして、後醍醐天皇を中心とする公家政権が誕生し、新しく建武の新政がはじまりました。