更新世、完新世と時代は下り、その後1万2000年前から紀元前5〜4世紀までを縄文時代といいます。この時代の新石器文化を縄文文化といい、人々は縄文土器や磨製石器の利用や狩猟・漁猟を行い生活していました。




この時代、石器が更に発達し、旧石器時代の打製石器に加えて（置き換わったわけではない）、石を磨いて作った磨製石器が現れます。磨製石器の種類としては、石斧（打製と磨製の両方があった）・石鏃（弓矢のやじり）・石匙（スプーン）・石棒・石剣・石錘（漁に使うおもり）・石皿などがありました。

これらに加えて、動物の骨・牙・角で作った骨角器もあり、釣り針・銛・鏃などに利用されました。漁労は当時の生活に欠かせないもので、丸木舟が用いられました。

石器としてよく使われたのが黒曜石で、熊本の阿蘇山・北海道の白滝や十勝・長野の和田峠・神奈川の箱根畑宿・伊豆諸島の神津島・大分の姫島・佐賀の腰岳などが主な産地でした。他にも、二上山のサヌカイト（讃岐石）・新潟姫川流域のひすい（硬玉）・硬質頁岩などが使われました。


この時代、表面に縄文模様のある縄文土器が作られます。この土器は低温で焼かれたのでもろい構造でした。土器も時代区分とともに、一般的に草創期・早期・前期・中期・後期・晩期の6期に分類されます。

草創期	豆粒文土器・隆起線文土器
早期	尖底土器
前期・中期	深鉢型土器・火焔土器
後期	注口土器
晩期	亀ヶ岡式土器
最末期	夜臼式土器