室町時代には、二毛作が始まり、大陸からもたらされた大唐米が庶民の食用米となりました。従来からの水車のほか、竜骨車も使用され、商品作物も栽培されるようになっていきました。

農村加工業の成長とともに、手工業者も誕生し、同業組合の座の数も増加しました。刀剣生産も守護大名や戦国大名の保護のもと手工業者が成長し、備前の長船や美濃の関などを中心に大量に生産されました。また、京都では西陣織の基礎が築かれ、酒造業も盛んになっていきました。

水産業では、地引網や刺網が使用されるようになり、漁業権が成立していきました。製塩業も広まり、従来の揚浜式塩田に加え、古式入浜も作られるようになりました。

林業では、鋸が普及し、木曽の檜は高級材として重宝されます。

市場も三斎市から応仁の乱後に六斎市が一般化し、都市では見世棚（店棚）を常設した小売店が生まれました。朝廷と結びついた座商人は供御人、大寺社と結びついた座商人は神人という称号が与えられ、関銭の免除や市場での独占販売権を認められました。

商品経済が盛んになると、貨幣の流通も激増し、税も貨幣で納められるようになっていきました。農民が年貢の銭納をはじめたことは、この時代に貨幣経済が全国に浸透していった背景がありました。また、遠隔地取引の拡大とともに、為替（割符）の利用も増加しました。貨幣は永楽通宝などの輸入銭（宋銭・明銭）が使われましたが、次第に国内で鋳造された私鋳銭も流通しはじめました。しかし、私鋳銭は粗悪な作りで、取引の際に悪銭を拒否し良銭だけ受け取ろうとする撰銭が横行し、円滑な貨幣流通が阻害されました。そのため幕府や戦国大名は良銭と悪銭の交換比率を決めたり、悪銭を排除する代わりにそれ以外の銭の流通を強制する撰銭令を発布し、貨幣流通の円滑化をはかりました。

貨幣経済の発達とともに金融業者も生まれ、酒屋などの有力な商工業者は土倉という高利貸業を兼ねることが多く、幕府は京都の有力な酒屋・土倉を保護・統制し、倉役・酒屋役などの営業税を徴収しました。これらの一部は、後の豪商に発展していきました。遠隔地取引の際には廻船が活躍し、交通の要所には問丸から発達した問屋がおかれ、輸送路では馬借・車借という運送業者が物流を担いました。こうして室町時代には交通の要所として全国各地に地方都市が生まれ、室町幕府は交通網に関所を設け津料・関銭を徴収するようになりました。