真言宗や天台宗などの旧仏教は、朝廷・公家の没落や荘園の崩壊により、しだいに勢力が衰えていきました。かわりに鎌倉仏教の各派は民衆に受け入れられ、各地の信仰の中心となっていきました。

禅宗の五山派は、将軍や守護の保護を受け発展しましたが、室町幕府の衰退とともにしだいに衰えていきました。五山派を叢林と呼びますが、それ以外の禅宗（林下）は、曹洞宗永平寺、臨済宗大徳寺・妙心寺などを中心に世俗化を嫌い地方の信仰を集めました。大徳寺の一休宗純は、詩集『狂雲集』とともに著名な僧となりました。

法然の死後、多数の諸派に分かれていた浄土宗では、九州の鎮西派が優勢となり、京都や東国にも布教活動を広げました。また、京都の知恩院は、応仁の乱後に代々の天皇の帰依を受け浄土宗の本寺となりました。

日蓮宗（法華宗）は、鎌倉時代末から南北朝時代にかけて東国から京都に進出し、日像の妙顕寺や日静の本圀寺を中心に発展し、15世紀にでた日親は京都から中国地方・九州地方へ布教活動を広げました。日親は他派と論戦を繰り広げたため、幕府からたびたび迫害を受けました。

京都の商工業者は日蓮宗の門徒が多く、1532年（天文元年）に京都を戦火から守るために法華一揆を結び、一向一揆と対決し、自主的な町政を行いましたが。1536年（天文5年）に延暦寺と対立したことで京都中の寺院をすべて焼き討ちにされ、京都を追われることになりました。これを天文法華の乱といいます。

浄土真宗（一向宗）は、親鸞の末裔覚如が親鸞の廟所を大谷本願寺として寺院化し本願寺派を作り、代々覚如の子孫が門主を務めました。第8世門主の蓮如のとき、延暦寺によって大谷本願寺が破却されたため、蓮如は越前吉崎に吉崎道場を建て北陸地方を拠点に布教活動を行いました。その後、蓮如は京都の山科に山科本願寺を建て、門主の座を実子の実如に譲り、自らは大阪に石山坊に移し隠棲しました。1532年（天文元年）に山科本願寺が法華一揆によって焼かれると、実如の孫第10世門主の証如は石山に本拠地を移し石山本願寺としました。一向宗の門下は各地で強い結束を持ち、ときに大名と衝突し、1488年（長享2年）には加賀の一向一揆がおこりました。

この他にも、地蔵信仰・観音信仰などさまざまな民衆信仰が広がりました。